はてなブログに投稿しましたWEB+DB PRESS Vol.67の最長重複文字列問題をClojureで解いてみた - やぐブロ http://t.co/1Pr30VBy about 18 hours ago from Hatena
はてなブログに投稿しましたLeiningenのzsh補完関数を利用する - やぐブロ http://t.co/5TinT0GE 03:27:29 PM 2月 22, 2
2012-02-23 GEOからデータをさらう
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DBCLSでの活動報告 | 20:42
Publications referring to NGS dataで，GEOからも定期的にcronを回してデータを探して来られるようにしました．
以下，覚え書きをば．
・GEOのデータにESearchやEFetchを使って触る方法は下記URLにあります．
http://www.ncbi.nlm.nih.g
2012-02-23
悪戦苦闘中
DBCLS
こんにちわ。前回に引き続いてPANTHERの調査を行なっています。
PANTHERの発現解析ツールとしての側面を調べる方向で、ひとまずすでに動画として紹介されているDAVIDとGSEAの使い方を勉強。
その後、そこで使ったデータセットをPANTHERでも使ってみることにしました。
以下、調査ログコピペ
PANTHERの解析ツールには２つのオプションがあ
2012-02-23
CueMol2応用編動画、撮影終了→編集スタート
DBCLS, CueMol2
以下のとおり↓筋書きが完成したCueMol2応用編の統合TV、ひととおり撮影を終えてCamtasiaでの編集に入りました。
・原子間の距離を測る
・原子間の相互作用を点線で表す
・Object, Renderer, Camera のコピー＆ペースト ←イマココ、動画時間約4分
・分子表面の生成
・
2012-02-22
NCBI GEOの使い方4 データセットブラウザの使い方2 動画編集3
DBCLS
ダウンロードデータの説明のほか、一部のちょっとした撮り直しを行い、動画が概ね完成いたしました。次回細かい修正を行い、アップすることになると思います。
さて、GEOの動画は旧来、私がこれまで作り直してきた4作とデータ投稿編、でした。そのためこの動画を作り終えたら私のGEO動画作成は終わりかと思っ
2012年2月22日水曜日
Mac のお掃除
ほんとは定期的にしなければならない「お掃除」。
サボってサボって、ついにはMacbookのHDD残容量が3GBとなってしまい、Photoshopが悲鳴を上げ始めました。
で、お掃除を久しぶりにしました。
一連の流れを備忘録としてメモしておきま
2012-02-22
キーワード抽出2
DBCLS
まず今日はいままで書いたコードを整理して見やすくしました。
確かにクラス使うと多少は見やすい・・・のかなぁ
そして昨日見つけたサイトのバグを潰し、キーワードも含めた自動更新のプログラムを書きました。
とりあえず今の時点ではバグはなさそうです。
次回論文レビューが更新されたときに正常に動作しているか確認します。
今後はまずキーワードをクリックすると
2012-02-22
Camtasia Studio動画の完成
DBCLS
どうも綾瀬です。
今日も引き続きCamtasia Studio動画の編集を行いました。
その結果、撮影編・編集編の両方とも、OKを頂いたので動画のエンコード、アップロードの流れになりました。
撮影編、編集編の順に2/20, 2/21の日記にアップし、日記を編集する直前で今日の作業はストップになります。
ちなみに、動画をエン
放牧37日目-1「Pubchemの使い方を学ぶ-4」
Permalink | コメント(0) | トラックバック(0) | 17:56
120222 13:00~17:30
4.結果の表示について
PubChemで検索を行うと3つのカテゴリーにわかれた結果が表示されます。
なお、このカテゴリーとは
・substance
・compound
・BioAssay
の3つです。また、表示された結果にはP
2012-02-22
ぬりえです。
最近寝不足が続いているので、「きつけ」、レッドブルを持ってきました。
あ、コンタクト用の目薬も写っていますが私は裸眼です。
パソコン画面を眺めているとドライアイになってしまうもので。
レッドブルを飲んで、こんな量じゃ全然効かんぞ、と思っていると、
なんと20オンス、約600mlのレッドブル缶のお土産がっ・・・
185ml缶との比較写真は他の人もみんな撮っていたの
2012-02-21
『BodyParts3D/Anatomographyの使い方〜実践編〜 人体ヒートマップの作成』のアップデート
DBCLS, BodyParts3D
2011年12月22日の日記で
BodyParts3D/Anatomographyの紹介動画は全部で4作の予定でしたが、5作目が作られることが決定しました。内容は脳の各部位における遺伝子の発現量をヒートマップで表すというものにな
2012-02-21
サーバへの導入完了。
DBCLS
昨日から調べていたのですが、CPANからのダウンロードはできていたのですがmake testで引っかかっていたらしく、正常にインストールが完了していなかったようです。なので、
CPAN> force install Net::Twitter
として強引にインストールを実行したところ、とりあえずライブラリを自分のローカルにインストールする
→ マウスで「homeobox」を検索してタブ区切りテキストで取得
→ ショウジョウバエで「”RNA interference”」を検索してJSONで取得
2012-02-18
けふのあと
先週はインフルエンザにやられて仕事ができませんでした。
そして今日こそ動画の出力！からのうｐ！
早く終わると思っていたのですが意外と時間がかかってしまいました。
しかし無事にアップすることができました。
[title:http://togotv.dbcls.jp/20120217.html#p01
まだダイジェストなどは書いてないのですが動画は視聴できます。
Pe
(！会場は新宿です！) GHCソースコードリーディング勉強会 第0回(準備編) - [PARTAKE]
<前の5日分
2012-02-01
2012/02/01
DBCLS
今日は、ArrayExpressの解説動画（仮）が出来上がりました！次回onoさんに見てもらってチェック入れてもらいます。
その後は、しばらく中断していたライフサイエンス新着論文レビューの疾病用語抜き出しをしていました。
来週は何か新しいことができたらいいなあと思います。
Permalink | コメント(0) | トラッ
# amending commit: add extra changes to previous commit
(changes) ; git add hello.rb ; git commit -m ’yey!’ ; (a bit change) ; git add hello.rb ; git commit --amend -m ’yey, and yey again!’
2012年2月
1234
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26272829
<<2月>>
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2012-01-31(Tue.)
■[bio][IT] SRA のデータが汚い（いまさら）
まずはこちらをご覧ください。
<LIBRARY_DESCRIPTOR>
...
<TARGETED_LOCI>
<LOCUS locus_name=”16S rRNA”>
<PROBE_SET>
<DB>pubmed</DB>
<
2012-01-30
■どどどどないせいっちゅーねん
while($row =& $result->fetchRow(DB_FETCHMODE_ORDERED)){
print $row[0];
}
結果
$row[0] = pmid $row[1] = sra_idとして取り出せる
while($row =& $result->fetchRow(DB_FETCHMODE_ORDERE
お使いのブラウザでは現在、YouTube で利用可能な動画形式はいずれも認識されません。
HTML5 動画に関するよくある質問については、こちらをクリックしてください。
閉じる
Video ID:__videoId__
Dimensions:__videoWidth__x__videoHeight__
Volume:__volume__%
Stream Type:__streamType__
De
<前の5日分
2012-01-16
これからどうしようかとか
1/16の放牧ログです。
今日は牧場に来る段階で今はこれだっってネタがなかったので、前回のスクリプトがちゃんと動いてないので直すかとか、確たる目的もないけどPHP勉強しとくかとか（それでいいのかとは思いつつ）考えていました。
そんなところで@iNutさんから鎖鋸（http://g86.dbcls.jp/kusarinoko）の話を
2011-12-27
最後の放牧！！
年末！今年最後の牧場！
〜生命科学研究を効率的にすすめるためのgoogle使い倒し術〜
始めていってます。
以前問題として残ってた、スペースやダブルクォーテーションを使って完全一致、AND検索の工夫を行う手法については、相談の結果触れないことにしました。。。googleの仕様変更によるものと思われるからもうこの絞り込みテクはあまり使えない、という結論に達しまし
2011年11月29日火曜日
チェックボックスにプログラム(Ruby)で指定のものにチェックしてそのデータを取り出す方法ー後編
前回、チェックボックスにプログラムで指定のものにチェックしてそのデータを取り出す方法と書きながら全然載っていないじゃんと思ったあなた！
正しい。
さて、今回は本当にやります。ただ前回書いたようなライブラ
ホヤ
イネ
ラット
2011-08-18
とりあえず内容箇条書き！
ブログの内容だけど、
R言語（統計処理）
L-system
iphoneのアプリ
twitter bot
ぐらいかね。需要あって、何かしらオレが書けるものは。
Permalink | コメント(0) | トラックバック(0) | 12:30
魔文字列またか☆バケタ
投稿日: 08/12/2011 作成者: twittoru
元のソーステキストには絶対に ê って書いてあるのに正しい表示は ê らしい。泣ける。
(コードポイント: U+00C3 U+00AA) → (UTF-8: 0xC3 0xAA) ということらしい。意味がわからん。
正しい表示が見れる方 : E-GEOD-10009
ソーステキスト : E-GEOD-10009.
sayamatcher 2011/06/24 21:49 素晴らしい！
是非どうやってデータを作ってきてくれているか、書き記してください！
今後ともよろしく