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2009/06/01 RSS feed is discontinued
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Apache/2.2.8 (Fedora) Server at www.iba.k.u-tokyo.ac.jp Port 80
Forbidden
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2008
1Lundin, C., Kim, H., Nilsson, I., White, S.H. and von Heijne, G. (2008) Molecular code for protein insertion in the endoplasmic reticulum membrane is similar for N(in)-C(out) and N(out)-C(in) transmembrane helices. Proc Natl Acad Sci U S A 105 (41) : 15702-15707. Link to
articlePubMed
2von Heijne, G. and Rees, D. (2008) Membranes: reading between the lines. Curr Opin Struct Biol 18 (4) : 403-405. Link to
articlePubMed
3Cassel, M., Seppala, S. and von Heijne, G. (2008) Confronting fusion protein-based membrane protein topology mapping with reality: the Escherichia coli ClcA H+/Cl- exchange transporter. J Mol Biol 381 (4) : 860-
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ナベアツ問題にこだわり過ぎじゃん?*1
*1 RSSを読み込んでリアルタイムに変換されるっぽいので、コンテンツ変わってるかも・・・
本日のツッコミ(全2件) [ツッコミを入れる]
_ tetra [早速ご反応いただき恐れ入ります（笑） とゆーか、例の「過去記事☆」に、直ぐに反応できませんで、すいません（＞＜）]
Object not found!
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Error 404
sullivan.bu.edu
Apache/2.0.52 (CentOS)
2008 年 09 月 09 日
11:27 AM 小ネタ
1. 始めての格安サーバー
ソフマップで安かったのでProliant ML110を購入．送料無料で13,800．
メモリ（nonECC, 相性保証）1GBx2にWindows XP Homeを入れても一式で３万円しなかった．
とはいえ（Windowsを入れてるように）自分で使うわけではなく，ちょうど仕事用に必要な知人に実費で譲った．
起動時にファンが全力で回ること以外は問題なく，自分でLinuxの開発機が必要になったらまた買うかもしれない．
2. OpenOffice 3.0beta
OpenOffice 3.0betaがリリースされていたので使ってみる．
MacでIM切り替えがアプリケーションにトラップされてしまう問題は解消されていた．
日本語パックがリリースされたらMacを使用している他の人にも勧められそうだ．
翻訳チームはにお疲れさまとしか言えないが，期待したい．
3. チキンなT-Rex
Natureにまとめ的な記事が載っていたが，/.Jでもストーリーがたっていた，恐竜のタンパク質がニワトリと似ているという話だが，
かなり怪しい雰囲気になっている．
この件に関しては何人もの研究者から問題が指摘され，その度に著者らは一部のタンパク質について内容を撤回したり
修正したりと後退を繰り返している．
一番問題が大きいのは質量分析器の生データを未だに公開しないことで，それがあれば他の研究者が調査できるのだ
2008/03/26 (Wed) A good beginning makes a good ending. [長年日記]
Ξ [work] 職場引越
今日から同じキャンパスの別のところに通勤することに。というわけで、変わらなかった最寄りの駅からの徒歩時間を計ってみましたが、結局ほとんど変わらず徒歩15分。最後に階段昇降が加わっただけで、毎日の運動としてはさらに理想的になったような…。
Ξ [hoge] JSBi機能ゲノミクス研究会解散
することにしました。JSBiの評議会でもわりと時間を取って議論させていただきましたが、やる方のインセンティブがなくなってしまったことが最大の原因です。「研究会」というからにはもっと参加者からのフィードバックがあってしかるべきと思っていましたが、それが全くなく毎回「講習会」のようなありさまだったので、それなら「講習会」として今後も続けてやった方がいいかと思ったので。関係者の皆様、これまでご苦労様でした。
[ツッコミを入れる]
[]
Major changes in the GenomeNet WWW server
Click here to see the latest announcements from GenomeNet.
April 1, 2007
KEGG release 42.0 features:
(1) a new version of the hierarchical text file viewer such as this.
(2) sequence information added to PK/NRP entries in the COMPOUND database such as this,
(3) EXPRESSION database linked to KegArray, and
(4) new directory organization of the KEGG FTP site.February 21, 2007
In the DBGET system, the database name KO is now treated as abbreviation of the KEGG ORTHOLOGY database.February 1, 2007
The KEGG KEGG top page is modified in release 41.1, introducing a new search box.
New software GENIES
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スターウォーズ エピソード３ (2005年7月9日)
いやー、いよいよ公開ですね。実は、一週間ほど前に先行上映で見てきてしまいました。夕方映画館について、夜８時過ぎのレイトショウなら結構よい席もあるってことで、そのまま見ました。夜中までかかりますけどね。
さて、内容はとくにいわないことにしましょう。ストーリー構成はいままでのよくあるスターウォーズとはだいぶ違うっていう感じですかね。最初にいきなり、っていうあたりからして違う。まあ、事前にわかっているとおり、アナキンが、ダースベーダーになる映画ですので、注目すべき点は、どうやってダースベーダーになっていくのか、っていうあたりだと思うんですが、そのあたり、自然なような不自然なような、、、。
こういうダースベーダーとかそれに関係して、パドメっていうか、アマダラさんっていうか、そういうのも含めた個人的話はいろいろだと思うんですが、今回の映画でかなり面白い、って思ったのは、要するに、元老院によって統治されてきた銀河共和国というものが、どうして、帝国になってしまったのか、という話です。おとぎ話的にいえば、それは、まさに、シスの陰謀であって、フォースの暗黒面をつかった「悪い連中がそういうふうになるようにおとしめた」というわかりやすい話なんですが、ところが、このあたり、エピソード２からのつながりでいくと、まず、戦争があっちこっちで起こる。で、その対処のためには、共和国が十分な「戦争抑止力」としての戦力を持たないといけない。で、
total 617004-rw-rw-r-- 1 sybase 2378315 Jun 1 03:01 BIB_PubMed.rpt-rw-r--r-- 1 sybase 1030739 Jun 1 03:01 HMD_HGNC_Accession.rpt-rw-rw-r-- 1 sybase 3979580 Jun 1 03:01 HMD_Human1.rpt-rw-rw-r-- 1 sybase 3979580 Jun 1 03:01 HMD_Human2.rpt-rw-rw-r-- 1 sybase 2932664 Jun 1 03:01 HMD_Human3.rpt-rw-rw-r-- 1 sybase 2932664 Jun 1 03:01 HMD_Human4.rpt-rw-rw-r-- 1 sybase 731784 Jun 1 03:01 HMD_HumanPhenotype.rpt-rw-rw-r-- 1 sybase 1205340 Jun 1 03:01 HMD_HumanSequence.rpt-rw-r--r-- 1 sybase 861181 Jun 1 03:01 HMD_OMIM.rpt-rw-rw-r-- 1 sybase 85621 Jun 1 03:01 HMD_OxfordGrid.rpt-rw-r--r-- 1 sybase 3365916 Jun 1 03:01 HMD_Rat1.rpt-rw-r--r-- 1 sy
_ [BI] NCBI Mouse Build 34 (mm6)
ちょっとフライングくさいけど．．．http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/mouse/contig/Build34.html とか http://genome-test.cse.ucsc.edu/ の News のところとか．2,4,11,X 染色体が finished のもよう．
Oracle 10g Bioinformatics Blog
Blog about the use of Oracle 10g as a bioinformatics tool
Linkdump
Oracle Life Science Platform? + 0 - 0 | § ¶
It’s not always clear which Oracle products are included in the ”Oracle Life Science platform”. Oracle has a website specifically for life sciences. There they mention that the Oracle life Science Platform consist of 3 products : ”Oracle’s Life Sciences Platform consists of a set of features in Oracle Database 10g, Oracle Application Server 10g and Collaboration Suite”. However, only 1 product, the Oracle Database 10g, contains features that are only useful for life sciences (specifi
Sun 25 May 2003 07:45:44 AM EDT