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”Next-generation Bioinformatics: connecting bases to genes, networks and disease”,
Paul Horton
Editorial for a special issue of Briefings in Bioinformatics I was guest editor for collecting articles loosely based on invited talks and other topics presented at the ISCB-Asia/SCCG 2012 conference.
Briefings in Bioinformatics, doi:10.1093/bib/bbt090, 2014.
[Manuscript]
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日記
14/09/2012
そうだ、フィレンツェへ行こう、と思ったので行ってくる。またね。
14/09/2012 | Lien permanent| TrackBack (0)
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22/04/2012
連絡先をメールではなくGoogle+にさせていただきました。
Google+のアカウントをお持ちの方でしたら、特に記事に問題がない限り、承認いたしますので、以後はやり取りが可能になります。宜しければ御利用下さい。
22/04/2012 | Lien permanent| TrackBack (0)
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01/12/2011
これはもうどうしようもないと思って冬支度にした。漁師セーターに牧童パンツでオイルレザーの兵隊ブーツ履いて仕事してる。部屋で兵隊ブーツってのもどうかとは思うんだが、足下ちゃんと固めておくとしゃっきりするんだよ。何か聞きしに勝る履き心地の良さだし。
01/12/2011 | Lien permanent| TrackBack (0)
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06/10/2011
Jobsは一言でいうなら、美しい機械を作る人だった。造作が美しく、動作が美しかった。しかもその美しさは常にある種の衝撃を伴っていた。コンピューターの宿命で三年もするとスペック的に不足が出て買い替えることになる訳だが、今まで使っていた機械の美しさに対する未練と、買い替えるであろう機械の美しさへの飢えで引き裂かれるのは、毎回、この上ない快感だった。
macのユーザーはよ
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Reprint of paper about Zerg in Bioinformatics 19: 1035-1036, 2003
Download
libzerg_1.0.6.tar.gz -the main Zerg library.
Related software
pyzerg - a Python wrapper for Zerg, by Leighton Pritchard.
Installation instructions for libzerg and libzerg-perl.
Please send bug reports to
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Dirk Eddelbuettel
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Version 0.7.9.2 (dated 2006-02-26, released 2006-03-01)
Second release based on Knoppix 4.0.2
Quantian software changes:
yet again grown in size: 2.7gb iso file containing over 2570 Debian packages, over 870 R packages, and a few direct source installation to complement;
split over two compressed loop images of 1.66 and 1.19 gb, respectively;
updates of packages in 0.7.9.1 that were held by the ongoing C++ library transition: now with KDE 3.5 (and some 3.4 apps)
added Java 1.5.0 SD
total:8712
today: 1
Last-modified: 2010-07-11 (日) 22:21:24 (1218d)
Based on ”PukiWiki” 1.3 by yu-ji. Powered by PHP 5.3.10. HTML convert time: 0.042 sec.
v0.3.1 (latest release)
Version 0.3.1: tar.gz (md5)
Plugin Error
Errors in plugins? Retry to Update or Configure.
ArgumentError
marshal data too short
2013-08-26 (Mon) 23:46:52 店舗によって昔の機械を使っているところがある、ということでしょうか？すみません、あきらめきれず質問させてもらっています。
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岩淺こまきのオン／オフで使えるプレゼン術：
【オフタイム編】通勤時間を使ってプレゼン上手になる！
プレゼン、上手くなりたい！ でも、練習している時間がない……。今回は、そんなビジネスパーソンのために、通勤時間にできるプレゼンテク向上術をご紹介します。（8/23）
長期休暇明けは大きな仕事に取り組むと脳を有効活用できる!?（7/26）
議事録を効率的に作成する専用ソフト（8/1）-ビジネスパーソンボランティア：
Last update: Aug 21 2013
caffe` Verdi はウェブサイトをリニューアルしました。
20秒後自動的に新サイトにジャンプします...
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Try waiting a few minutes and reloading.
(Can’t contact the database server: Can’t connect to local MySQL server through socket ’/var/lib/mysql/mysql.sock’ (2) (localhost))
You can try searching via Google in the meantime.
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いくつかのサイトがリンク切れでご迷惑おかけしております。「混沌の屋形船directぜんぶ」とか。復旧の見通しはたっておりません。
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[2013-04-23追記] PDF to Excel Free Online というサイトも紹介していただいた。どなたか比較記事を書いていただけたらありがたい。
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#5[URL] 電気学会誌 121 巻 5 号
執筆中にググって到達。これはありがたい。
#4[labo] 某原稿
図+=3、わきわき書いて 9.5 ページ。今日中には終わらなかったか。無念。しかし 10 ページに収めるの無理か？嵌み出したら怒られるかな…
#3[issp] 採否メール送信
午前に準備、web も調整、19:00 頃に更新/発送。やれやれ。
設定の反映待ちか、存在しないアドレスです。
しばらく時間を置いてから、再度アクセスをお試しください。
Redirection Error - You are receiving this error for one of the following reseasons:
- Your redirection is to another redirection record. This can cause a loop and is not allowed in our system.
- You may have recently removed your HTTP Redirection then your DNS is already changed on the name server but your system (computer) still has this IP (the redirection IP) cached. Please give this up to one hour before it is completely removed from your local cache.
2013-01-17 ブログ引っ越し先が開店しました
ブログ引っ越し先が開店しました。下記のリンクです。まだバグとり中ですので、しばらくいろいろヘンなことがあると思いますが、ご辛抱くださいませ。
新ブログ | Enotech Consulting - Management Consulting Firm Specialized in Business Development in Mobile, Broadband, IT Area
ツイートする-はてなでブログを始めたのは2005年2月1日でした。どのプラットフォームを使うかあまり深く考えず、友人に勧められてなんとなくはてなで書き始めました。まだブログというものが目新しい頃。
Ceekz Logs (Move to y.ceek.jp)
y.ceek.jp に移転しました。
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2010-07-20(Tue)
産学連携
メモ
「バイオサイエンスとインダストリー」Vol.68 No.4 2010（ウェブサイトにはまだ目次が上がっていない）、堀田行久先生の「産学連携の契約における主な論点」がおもしろかったです。
とりあげられている論点は、
１．研究成果の帰属
２．共有特許における特許法７３条の適用
３．独占ライセンスにおける権利死蔵のリスク
４．出願・維持費用の負担
５．秘密保持契約、MTA、オプション・評価契約
６．国際展開
産学連携特有の論点と、業務提携と共通した論点の双方からみて、わかりやすくコンパクトに整理されていて、勉強になりました。
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2010-07-10(Sat)
基本レジュメのおぼえかた
論文
「基本レジュメ」というのは、重要事項（いわゆる「基本問題」）を、論文式試験の答案形式でまとめたものをいいます（そうじゃないのもあるかも……）。
実際に論文式試験で応用問題を解くにあたっても、このへんの知識がないとどうにもならないですし、そもそも仕事をする上でわかっていないと、どえらく恥ずかしい。
なので、弁理士試験の勉強をする人は、どこかでこの「基本レジュメ」をがんばっておぼえるという作業をします（たぶん）。
実は最初、というかかなり長いこと、「え〜？ 暗記〜？ やだよう。苦手だよう」とこの作業を避けてきました。
「要はこういうことだよね」と理解できていれ
Last modified: Tuesday, 05-Jan-2010 20:12:45 JST
TunesTEXT 開発終了のお知らせ
Nov 13, 2012 00:36
TunesTEXT
このたび、歌詞表示 Dashboard Widget TunesTEXT の開発を終了することを決定いたしました。詳細は TunesTEXT のページをご覧ください。
TunesTEXT (discontinued) 0.8.18
スマートフォン専用ページを表示
企業研究者の独学でバイオインフォティクス
企業にいると自由に研究ができない苦しみを誰もが感じると思います。 私もその一人です。
この不自由な状況を打破するため、また趣味として研究をするために、コンピューターだけで研究ができる可能性のあるバイオインフォマティクスを独学で学ぶブログです。
ゴールは、一流科学誌への論文投稿です。
2006年02月19日
Yahoo!とGoogleの比較（2）得意なサイト
また、理系のためのインターネット検索術で記載されていた、YahooとGoogleの違いについて。
Yahoo!は公式サイトの検索が得意で、Googleは人気のあるサイトの検索が得意であるそうです。 これは、Yahoo!は人手で登録しているのに対して、Googleは他のサイトからのリンクの数でランク付けしている事が原因の様です。
実際に、『バイオインフォマティクス』を検索語にして、Yahoo!とGoogleの検索結果を比較してみます。
Yahoo!の結果（2006.2.19現在）
第一位 日本バイオインフォマティクス学会
第二位 三菱スペース ソフトウェアーのバイオインフォマティクス事業部
第三位 バイオインフォマティクス推進センター
第四位 アマゾンで販売している書籍バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ
第五位 アマゾンで販売している書籍バイオプログラミング―バイオインフォマティクス演習
Googleの結果（2006.2
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ザ・ユニバース
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人材紹介の情報がいっぱい！ココがおすすめという事らしいので、是非、一度チェックしてください。
医師の転職についての情報ならココがいいなので、チェックしてくださいね。
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2012年5月 4日
FRONTIER FT701W [2]
先日筆者が購入した7インチ液晶ディスプレイのAndroidタブレット、FRONTIER製「FT701W」のレビューの続きをお届けする。「FT701W」の充電時間は、5200mAと大型のリチウムイオン充電池を搭載しているので、充電に要する時間も4時間以上かかる。充電中に「FT701W」を起動してみたのが、下へ掲載している写真だ。特にカスタマイズされた様子も無い、Android 2.3のロック待ち受け画面で、設定されている壁紙の上部が黒帯となっている以外は、目新しい画面ではない。しかし、この待ち受けロック画面は、ランドスケープ表示（横表示）に固定されており、ポートレート表示（縦表示）への回転はされない。
Android 2.3は、元々がスマートフォン用のOSなので、タブレットへの使用はメーカ判断と独自カスタマイズが基本なので、「FT701W」の場合には横表示が標準で固定されている様だ。これは、操作用のタッチ・センサーボタンが、横表示ディスプレイの下へ配置されている事（同じく、フェイス・カメラも横表示ディスプレイの上側に配置され、その隣にはマイクロフォンも装備されている）からも、ランドスケープ表示（横表示）で使用することが、操作の前提となっている仕様だ。しかし、アプリによっては縦表示のポートレートが前提（特にスマートフォン用）のアプリも多いので、その場合には縦表示へと切り替わる。
» 続きを読
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_ [life] ここの更新は終えます。
統計処理ソフトウェアRについてのTips（移転しました）
最終更新：2012年 3月 16日 (金曜日)
このページは，http://minato.sip21c.org/swtips/R.htmlに移転しました。
Shifting to the client again
— March 15, 2012 at 16:33 PDT
This is my take on the current shift to rich, in-browser JavaScript apps.
Looking back over a few decades, this is the progression of how applications have been built:
mainframes and dumb terminals
minicomputers and smart terminals
networked workstations
workstations and shared code/data repositories
web apps and static HTML
web services and rich browser apps
Translation: The main body of the application code lives on the:
server
server + client
client
server + client
server
server + client
The server/client pendulum swings back and forth. The next logical step is apps
このサイトは，http://minato.sip21c.org/に移転しました。
おでん動きました
四国日記(今月の婆)-度を越さない
きまぐれ日記
2010年04月21日
MeCabがiPhone,OSXに載っていると言うのは止めようと思う
iPhoneのSDKの条項に変更が加わり、Flashのクロスコンパイルを含む純正開発ツール以外で作成されたバイナリの配布が禁止となるようです。世間でも散々言われていますが、この変更は正直とても残念です。
Apple的には「製品のクオリティーが保てないから」という理由だそうですが、Windows版iTunesが意味もなくQuickTime入れたり、Windows非標準のUIを使いまくっていて、お世辞にもクオリティーが高いとは言えないのを棚にあげて、クオリティー云々と言い訳できるのでしょうか。アプリなんて所詮玉石混淆。決めるのはユーザです。
MeCabは以前GPL/LGPLでした。Appleを含む複数の方からこのライセンスでは使いにくいと言う指摘をうけ、前職の同僚と協議をしながらBSD/LGPL/GPL のトリプルライセンスにしたという経緯があります。結果としてこの変更はうまくいきましたし、AppleがOSXやiPhoneにMeCabを搭載できるようになりました。私はこのことをとても誇りに思っていましたが、今回の件以降、矛盾を感じずにいられません。他人にはオープンだBSDだと「オープン路線」を要求するのに、(実際Appleの製品は数多くのオープンソースプロジェクトで構成されています。)自分は、開発者の囲い込みで「クロ
比較サイト
補足：現在は日本語対応のTeX Live環境は
$ fink install ghostscript-esp texlive
で整うと思います。特に他のパッケージや設定などは必要ないはずです。 もし不具合などありましたら、掲示板やブログで済ませずにぜひ報告をお願いします。
Project Registration
DDBJ BioProject Database
NGS Data Analysis
DDBJ Read Annotation Pipeline
GIB (GIB·GIB-V·GTPS)
Last-modified: 2012-02-12 (日)
Category:Life with Mac OS X (Total 157 items)
USB に何か接続されたときにコマンドを実行する / 2012-02-12 (日)
久方ぶりにこっちに書いてみる。
Lion になってから、launchd がカーネルからのイベントを監視できるようになりました。これを利用すると、以下のような感じの launchd.plist を作ることで USB ポートにデバイス接続時にアプリを起動できます。
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
<key>Label</key>
<string>com.microsoft.windows7connector</string>
<key>ProgramArguments</key>
<array>
<string>/Applications/Windows Phone 7 Connector.app/Contents/
コメント( 1001 )
2012年01月25日 WED
2012
HELLO.
矢田 哲士 助教授
京都大学大学院情報学研究科
知能情報学専攻
〒606-8501 京都市左京区吉田本町
電話 075-753-9110
FAX: 075-753-9110
Email: yt@i.kyoto-u.ac.jp
オフィス：工学部10号館1階101号室
平成16年6月現在
研究活動
研究テーマ
バイオインフォマティクス, ゲノム情報科学
機械学習アルゴリズムによる生物配列データからの情報抽出研究
確率文法の枠組みを導入した配列情報のモデル化研究
配列情報の表現モデルによる未知の生物配列データからの情報発見研究 (ゲノム配列からの遺伝子発見や遺伝子の発現条件の推定など)
最近の主要論文・著書
T. Ota, Y. Suzuki, T. Nishikawa, et al.
Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs.
Nat. Genet., 36:40-45, 2004.
T. Yada, Y. Totoki, Y. Takaeda, Y. Sakaki, and T. Takagi.
DIGIT: a novel gene finding program by combining gene-finders.
Proc. of Pacific Sympo. on Biocomputing ’03, pages 375-387, 2003.
K.
2011/12/17 Sat
白髪も増えて老けこみましたが、なんとか生きてます。
ココでは NexusOne の Wifi 運用から 3G デビューしたあたりで最後の記事だったわけですが。
その後、リークの Froyo を経て、cyanogenmod6、7 と移行。
b-mobile U300 も、今では 1G定額で運用。
ヨメはん用に NexusS(CM7)も買い足しましたし、xoom も発売されてすぐ買った。
世間ではスマホは当たり前のものとなり、選ぶことが少なかった 3G 契約も様々な速度と値段でサービス展開されている。
そんな激動の2年を過ごした NexusOne がそろそろ寿命。
振動も元気ないし、時折振動しなくなるし、タッチパネルも異常が頻発。
さらに本体の木っ端げ著しく。2個目の電池もヘタってきた。
ICS まで粘れるかと思ったが、ココに至り次のバトルシップを導入することにしました。
次は Motolora の Razr(XT910)をチョイス。
国内モデルも潤沢に選べるこの時代に海外スマホですか。
とか言われそうですが、今でも改造可能な SIMフリ機のアドバンテージは高い。
なんつうか製品のチューニング具合がヌルいんですよ。非常にヌルい。
アップデートがあるだのないだのというレベルで売りにされてもなあ。
さらに円高差益で安く購入可能というメリットもアリ。
やっぱオタクは人が持ってないもの持ちたがるだろ。
ということで Razr。
Razr は改
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Error. Page cannot be displayed. Please contact your service provider for more details. (4)
AAA!CAFEは、2001年より無料ホームページサービスを提供させて頂いておりましたが、2011年12月1日 12:00 を持ちまして、サービスの提供を終了させて頂く事となりました。
2011-11-24 10:00:48
ゆりかもめリレーマラソン
フィックスターズでは、プログラマという職業上運動不足になりがちなのを防止する意味で、スキー＆スノボ部、フットサル部、ゴルフ部、テニス部等を作り、体を動かす機会を少しでも増やそうとしている。
その一環で、昨日マラソン部発足記念（！？）を兼ねて、ゆりかもめリレーマラソンに参加した。
http://www.t-njsf.net/tokyo/rire-marason/rire-marason.pdf
１周約 1.313 キロのコースをマックス10人でたすきリレーしながら、42.195キロ走るというもの。
社内で参加者募集したところ、無事10人集まり、昨日のレースに臨んだ。
走る前に、1.313キロ何秒で走るかというのを参加者全員自己申告して、速い順に出走することとした。
みんなの自己申告を合計すると、42.195キロを3時間11分程度で走る計算になったので、一人３〓４周するのも考慮にいれ、3時間20分切るぞ！ということで、11時スタートした。
僕の自己申告は5分30秒。出走順3番目。みなに、そんな速く走れるわけねーだろぐらい言われていたが、5分30秒は切れると信じて1週目スタート。体も軽く、呼吸もOK。残り300メートルもラストスパートできて、「よし5分切ったんじゃねーか？」と思いながら、バトンタッチ。倒れながら、「何秒だった？」と聞くと、なんと、、、「携帯のストップウォッチアプリが途中で落ちて測れませ
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そこで、下書きみたいな気持ちで書いた文章を 不思議の国のイネムリネズミ(Tumblr) に書くことにしました。(追記:URLのスペル変えました、ブックマークしたひとは変えてください、すみません)
位置付けは次のように考えています: