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アクセスデータの利用
(Rで)マイクロアレイデータ解析(last modified 2023/05/24, since 2005)
アグリバイオインフォマティクスの教科書「Web連携テキスト バイオインフォマティクス」のページの読み込みに時間がかかる問題がありました。理由は1つの巨大なページとして構成していたためですが、章ごとのページに変更することで解決しました。(2023/05/24)
in_f1 <- "data_rma_2_nr.txt" #入力ファイル名を指定してin_f1に格納(発現データファイル) in_f2 <- "c5.bp.v5.0.symbols.gmt" #入力ファイル名を指定してin_f2に格納(gmtファイル) out_f1 <- "hoge4_G1.txt" #出力ファイル名を指定してout_f1に格納(G1群で高発現の遺伝子セットリスト) out_f2 <- "hoge4_G2.txt" #出力ファイル名を指定してout_f2に格納(G2群で高発現の遺伝子セットリスト) param_G1 <- 4 #G1群のサンプル数を指定 param_G2 <- 4 #G2群のサンプル数を指定 param_FDR <- 0.1 #false discovery rate (FDR)閾値を指定 param_posi <- c(1:4, 5:8) #G1群およびG2群の位置情報を指定 param_perm <- 100 #並べ替え回数を指定(数値が大きいほどより正確だが
〒163-0426 東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビルディング26F 電話:03-5909-8114 FAX:03-5909-8139 E-MAIL:[email protected]
電話：03-5909-8114 FAX：03-5909-8139 E-MAIL： [email protected]
■電話：03-5909-8114 FAX：03-5909-8139 E-MAIL: [email protected]
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■電話：03-5909-8114 FAX：03-5909-8139 E-MAIL:[email protected]
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2023年 05月 07日
再開しますか？
このブログ長期使ってませんでしたが、ツイッターにちょって飽きてきてるのでちょっと試みてみました。幸い簡単にページを開けることができました。２行ほど書いてほんとに現れてくるか見て見ます。
大津市の自宅の書斎からでいまは此処にすんでます。
ツイッターのほうに投稿してみます。最近愛好している二本のメタセコイアです。家から徒歩５分程度の所にあります。
無効なURLです。
プログラム設定の反映待ちである可能性があります。
しばらく時間をおいて再度アクセスをお試しください。
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KARAKARA-FACTORY
2022年06月05日
小林達也「と/う/か」 / 殻々工房
殻々工房で小林達也さんによる個展「と/う/か」がはじまりました。
カラカラのHPにインターネットギャラリーも作成しましたので、遠方でご来場の難しい方などにご利用いただけたら幸いです。
展覧会期中のみ、作品の購入もリンク先のショップページからオンラインでご購入いただけます。
よろしくお願いいたします。
小林達也 個展「と/う/か」Internet Gallery
http://karakara.pepper.jp/2022kobayashitatsuya-karakara.html
more..... "小林達也「と/う/か」 / 殻々工房" »
Author→nozawa @ 2022年06月05日 19:13| | Permalink | ART | 殻々工房 karakarakobo | Comment(0) | Trackback (0)
2022年04月24日
まつい由美子「桜前線2022」/ 殻々工房
殻々工房では４年ぶり２度目の個展となります、まつい由美子による「桜前線２０２２」も気がつけば折り返しとなりました。
この時期はいつもバタバタと過ぎてしまって、山の新緑をゆっくりと楽しむことができませんが、今年は店の中で毎日お花見させていただいております。
殻々工房のホームページ内にインターネットギャラリーを作成しました。
遠方でご来場が難しい方などにご利用い
(04/04)2023年04月03日のブックマーク
(04/03)2023年04月02日のブックマーク
© 2023 Eric Jain
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Yes, this is me again. For those who already forgo...
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2023-01-12
京都にクリプトバーをオープンします
2023年あけましておめでとうございます。このたび、京都市内の某所地下に、クリプトのバーをオープンすることになりました。クリプトというのは「crypto」で、暗号資産、ブロックチェーン、web3系のことに興味がある人が集まるバー、ということです。
prtimes.jp
2017年にOND社を作ってからやってきたことの1つに、「UNKNOWN KYOTO」という施設の運営があります。ゲストハウスと、コワーキングと、レストランが同じ建物の中に入っている複合施設で、遠くから来てもらうと、「泊まれて、仕事ができて、食事もできる」という三拍子揃った、「とりあえずここに来れば外に出なくても一通りのことができる」施設になっています。
unknown.kyoto
これはコロナが始まる前から感じていたことなんですが、例えば京都から東京に出張に行くと、宿を予約して行くのですが、チェックインした後とかで、打ち合わせの間の時間に仕事ができる場所が無くて困る、ということがよくありました。それで、コンセントとwifiが使えるカフェを探したり、コワーキング施設を探したり、とやるわけですけど、これも結構面倒くさい。探すのに時間がかかるし、そこに行くのも時間がかかる。
それから、食事も、会食があれば良いんですけど、何日も滞在していると普通に晩御飯が食べたいだけ、という日も出てきて、そういう「普通のご飯」をサクッと食べられる場所を探すのも
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2023.Jan.03 » We're wasting money by only supporting gzip for raw DNA files.
2023年01月07日(土) [n年日記]
この方法は完全に統計的に動いており, 内部的には1000次元のニューラル文書ベクトルをSVDで効率的に計算し, 基本的な線形代数を用いて最適解を返すものになっています。
この方法を拡張して, Researcher2Vecにもあるように, 各研究者の「研究者ベクトル」を計算することで, キーワードから研究者を検索できる"ACL2Vec-authors"をさらに公開しました。
「Score」とは, 検索キーワードから計算した仮想的な文書ベクトルと研究者ベクトルのコサイン距離のことです。(クリックで拡大)
これは元々は私がTACLのEditorとして査読者を見付けるのに, 何か自動化が必要だと感じて開発したものなので, キーワードを入れるだけでなく, 論文のPDFを指定すると, 内部でそれをアップロードしてテキストに直して解析し, その統計量から最も近い研究者を表示するシステムも含めました。
上記のインターフェースは一見簡単に見えますが,
HTMLの<input type="file">をそのまま使うと, submit後に指定したファイル名が消えてしまいます。
このため, 自前で別に赤いボタンの<input type="button">を用意し, それをクリックするとCSSで非表示にした見えない
<input type="file"> が起動され, その状態が変更されるとファイル文字列が書き換わるようにする, というよう
Powered by Ruby version 2.0.0-p648
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理事長コラム『信ずること、の意味』
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tDiary-5.0.4 リリース
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時折存在証明
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2022.08.31
時折存在証明
書こう書こうと思いつつ、2年が経過。
2022 08 31 02:31 PM | 固定リンク | コメント (0)
_why's Estate
Hey, welcome to my collection of why the lucky stiff links. Everything _why has published on the internet should be accessible from here. It works sort of like a museum that sells maps. Many of his abandoned writings are mirrored locally here, and everything else is through external links.
Jump to: Code Writings Pictures Music Videos Miscellaneous
Code
Thankyou whymirror.github.io.
bloopsaphone
blimlimb
bumpspark
camping
8cpj
hacketyhack
hobix
hoodwinkd
hpricot
markaby
metaid
mixico
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parkplace
potion
redcloth
sheila
sandbox
Try Ruby
shoes
syck
unholy
chirrup
skistrap
fakeplus
processor
rb_parse_args
yown
dn
2022-08-08
データ解釈学入門を読んだ - 2022 夏休み
統計検定2級や Kaggle で学んだものたちの隙間を埋めてくれる良い本だった。どことは言わないが、読んでいる途中に仕事のことを思い出す記述があり背筋がピンと伸びた。以下雑多なメモ。
分析者のためのデータ解釈学入門 データの本質をとらえる技術
作者:江崎貴裕
ソシム
Amazon
測りやすいデータが選ばれがち。
データを歪めるモチベーション（犯罪件数、いじめ件数は少なくレポートしたい）
(大きな声で何度でも）データの前処理は一番時間がかかる。手を抜かない。1つ1つの処理前後で正しいか必ず確認する。決してまとめて処理しない。
多重検定に注意。過去にこれやってたな。
HARKing, p-hacking これは・・・
数々の認知バイアス
higepon 2022-08-08 14:44
2022年07月22日
無期雇用転換認める、専修大学非常勤講師が勝訴 東京高裁
■しんぶん赤旗（2022年7月21日）
専修大学のドイツ語非常勤講師が無期雇用契約への転換を求めた裁判で、東京高裁（村上正敏裁判長）は、研究者の無期転換を１０年に先延ばしする特例法の適用を否定し、東京地裁に続いて無期転換を認める判決（６日付）を出しました。２０日、原告が厚労省で会見しました。
原告は１９８９年から非常勤講師を務め、２０１９年６月、労働契約法に基づいて無期転換を申し込みました。大学側は、科学技術イノベーション活性化法で、無期転換権発生が１０年に先延ばしになる「研究者」にあたるとして拒否しました。
東京地裁判決では、イノベ法が有期プロジェクトに参加する研究者などの特例だと指摘し、原告のようにドイツ語の授業や試験などの場合は該当しないと認定。東京高裁も、原告が「イノベ法の『研究者』にあたると考えるべき根拠は見いだせない」と判断しました。
会見で原告は、「自分の身を守るだけではなく、多くの人が安心して働き、研究と教育に専念できることが願いです。若い人たちのためにも法律の悪用とたたかいたい」と強調。「来年、イノベ法を悪用した大量雇い止めの危険がある。無期転換できるよう願っている」と述べました。
※実名を「原告」に修正した（HP管理人）
日時: 2022年07月22日 11:41
URL : http://university.main.jp/blog8/archives/20
本ページの原稿を作成しはじまって２０年(２０２２年現在)が過ぎました。始まった時には、Rに関する認識も不十分であり、参考文献も非常に少ない時期でした。その時には、Rの作者もRがここまで普及・利用されることは予想できなかったのではないかと推察します。本ページの内容は、総務省で発行されている月刊誌 ESTRELAに2003年8月号から掲載した原稿 をベースとしています。現時点で読むと内容やスタイルが古く感じることは否めません。そこで本ページの閉鎖を試み、数日間リンクを遮断しました。その結果、多くの読者の要望が寄せられ、再開しています。内容やスタイルを刷新すべきでありますが、時間や気力などで手を付けられないのが現状です。ご利用の方は取捨選択をしながら参考するようお願い申し上げます。
UQモバイルの7つのデメリットとは？後悔したくない人必見！
スマートフォン
July 01, 2022
マンガ単行本 価格の謎
先日書店で以下の三点を見つけて、やったね、と喜んで買ってきたわけですが。
●高松美咲『スキップとローファー』7巻（2022年講談社、680円＋税、amazon）
●山下和美『ツイステッド・シスターズ』2巻（2022年講談社、650円＋税、amazon）
●泰三子『ハコヅメ』21巻（2022年講談社、660円＋税、amazon）
いずれも楽しく読みました。が、以前から気になってたのがこの価格。この微妙な値段の違いはなんだろう。
出版関係の方にはアタリマエのことなのかもしれませんが、消費者としてはよくわからない。もちろん、でかい本は高い。ページ数が多くなると高い。装丁やデザインに凝ると高い。そして少部数の本は高くなる。こういうことはわかってますが、同時期に刊行された同じ出版社の同じB6判のマンガ単行本でこの差をつけてある理由は。
単純にページ数によるものかと思いましたが、これが違う。
『スキップとローファー』と『ツイステッド・シスターズ』を比較しますと、紙は同じものを使っているみたい。そして前者は176ページ、144グラムで680円。後者は192ページ、158グラムで650円。なんと、ページ数が多いほうが、安い。ページ単価は3.8円対3.4円。なぜかベテラン作家山下和美の方がお安くなっております。
さらに『ハコヅメ』はもっと特殊で、160ページ、169グラムで660円。これでも本の厚さは前二者と同じくらいです。触
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6月
■ 7月1日
昨日の続き。 読みとか間違いも含めた住所や名前の曖昧検索を考えて。
単純に1文字単位でバリエーションを入れるとき、書かないとはっきりしなかったのが「ヶ」の字。
ちがさき
茅ヶ崎
りゅうがさき
龍ケ崎
ろっかしょ村
六ヶ所村
兵庫県宝塚市ひかりがおか
兵庫県宝塚市光ガ丘
を考えると、「ヶ」に対しては「ケ」と、読みの「が」「ガ」と、「か」「カ」が加わる。
さらに、3ヶ月と書く場合があることを考えると。
3ヵ月
3か月
3ゕ月
3カ月
3ケ月
3箇月
3个月
果たして地名であるかは置いて、「ヶ」の置き換えに対しては「ゕ」「ヵ」「箇」「个」を加えて「ケがガヵカゕか箇个」となる。
文字を削除して良い場合は、市谷～市ヶ谷駅や、各務原市～各務ヶ原駅を考慮すると、削除の選択肢も必要となる。
方向性を考えて。
ヶ → ケがガかカヵゕ箇个(削除)
ケ → ヶがガかカヵゕ箇个(削除)
ヵ → ヶケかカゕ箇个
カ → ヶケかヵゕ箇个
か → ヶケカヵゕ箇个
ゕ → ヶケかカヵ箇个
が → ヶケガ(削除)
ガ → ヶケが(削除)
になるのかな。
昨日書いた一方向性じゃないというのが、こんな感じで出てくる。
1文字1文字のバリエーションで対応できない文字もあって、踊り字なんかが該当する。
いすゞ→いすず
佐々木→佐佐木
これは前の字を見ないといけないので、処理がちょっと増える。
1文字1文字でも、読み方によって変換して読むのを考慮すべきか悩む文字もあって。
ゆふこ→ゆ
無効なURLです。
プログラム設定の反映待ちである可能性があります。
しばらく時間をおいて再度アクセスをお試しください。
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2007/12/9 PM 1:05
＠ 今日の今年の回顧・2007年はチョー豊饒
まだ三週間残ってるつーのに、早漏気味の回顧である。若いときはチロー気味で顰蹙をかったこともあるくらいだが、年々ソーロー傾向が高まりつつある。これも老化現象の一つであろうか。なんの話だモゴモゴ。
さて諸君。今年はここ十年間でも、いや、ひょっとすると歴史上もっとも良い一年であったかもしれない。素晴らしいことにショートパンツが若い女性の間で流行ったんである。それも、ケチくさく詐欺まがいのキュロットもどきのショートパンツではなく、写真のようにきっぱりと潔いどうだこのヤロー的ショートパンツ、古いいい方だとホットパンツ、が流行ったのである。すんばらしいではないか。街にはショートパンツ姿の女のがわしわしいたし、テレビでもがんがんタレントが見せてくれた。ちなみに上の写真は私の脚フェチ＆ホットパンツ好き＆ピンヒール好みを察知したキャバクラ嬢が、そんなに好きならと同伴の時に着てくれた時のものである。いやはや眼福頓服ぷっぷくぷう、カミサマありがと
2022年1月19日 0:00～16:00(予定)
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『Valorant』ランクマッチ参加条件を「レベル20以上」に変更。スマーフ対策強化
習熟期間云々…はきっと建前
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18 9月 2016 07 1月 2022
それもそのはず。
中学生の国語の教科書で出てきたり、国語のテキストでバンバン出てきていて定番中の定番と言っても過言ではないからです。
私が塾講師をしていた時も何度も目にしました。
確か中学2年生のテキストにも出てきたし3年生のテキストにも出てきたと記憶しています。
と言うのです。
中学時代にこの話を読んだ時になんて温かい話なんだという衝撃を受けたことを覚えています。
自然な感じでスープを提供する、こんなことができる人間になりたいし、周りの人にはそうなって欲しいと思うことでしょう。
さらにスープに涙が落ちるという辺りでこのスープの温かさが伝わります。
上記でも少し触れましたが、今道友信さんの「温かいスープ」を読む年齢によって感じ方が変わってきます。
高齢になる程よりスープの温かさが増し、心にしみてくることでしょう。
私は中学時代にこの話が長い温かいスープだと感じていましたが、大人になったら短くて熱いスープだと思うようになりました。
大人になると主要ではない文も拾い上げるため、それらがもたらす意味が強くなります。
例えば、昔は、
と言うところはスルーしていたし、それがもたらす意味は気にしていなかったのですが、今ではそれがエッセンスになりよりスープの温度を上げてくれています。
読んだことのない人はどれほど心打たれるかとワクワクしながら読んでみてください。
ハードルを上げても上げ過ぎることはないと思っているほどの傑作です。
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Copyright デリヘル嬢の日常 2022.
Copyright © 2022 the American Physiological Society
© 2000-2022 Faculty Opinions Ltd. ISSN 2634-0836 | Legal | Partner of HINARI • CrossRef • ORCID
12/31/2021
2021年の私的ベスト１０
今年発表された楽曲での私的ベスト１０を発表します。
The Peggies「ドア」
私は、ぺぎっ子なので、The Peggiesの作品は全て素晴らしいと思ってしまうのですが、中でも出色なのは、この「ドア」です。基本的には、キラキラしたシングルカット曲よりも、くねたアルバム収録曲に名曲が多いバンドです。
「ドア」もまた、くねた感情を吐き出した歌詞が秀逸です。「君を最低な奴だと言い聞かせて 全部嫌いだと泣いている」という、感情を押し殺す苦悩の表現とか、ガールズバンドとしては群を抜いている感があります。
そこに、The Peggiesとしては珍しい、泣きのギターソロが効果的に入ってきます。
Gacharic Spin 「MindSet」
YouTube動画で、PVを流して感想を述べる「reaction動画」というジャンルがあるのですが、外国人YouTuberのreaction動画で軒並み高い評価を得ていたのが、この「MindSet」です。
ドラムとベースの圧倒的な演奏力が印象的な楽曲です。歌詞自体は「人生をリセットしたい→リセットしなくていい」という趣旨のもので、近時よくありがちのものかなという気がしなくもありませんし、もう少し推敲した方がいいのではという部分もなくはないですが（特に、「無敵に見えた」云々のところは、陳腐かなと。）、そんなふうに歌詞に目くじらを立てるべき楽曲ではないのでしょうね。
HAKUBI「誰かの
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ohsamu (2011年3月19日 19:19)
ohsamu (2011年2月24日 21:56)
ohsamu (2011年2月22日 22:22)
ohsamu (2010年11月 3日 18:03)
ohsamu (2009年8月 6日 00:56)
ohsamu (2009年6月30日 23:28)
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imoutoidの生前のライブ映像を父親が公開（動画あり）
2009年4月に死去したimoutoidのライブ映像を、彼の父親がYouTubeで公開した。
natalie.mu
18歳の若さでこの世を去った天才アーティスト、imoutoidが遺したもの
未来を期待されていた少年の、早すぎる死から10年 - かつてimoutoidという若きサウンドクリエイターがいた。中学生の頃からコンピュータでトラック制作を始め、自作の音源をインターネット上に公開するようになった彼は、その才気みな...
natalie.mu
▼imoutoid_ tomadさんの日常が今ひとつ分からない ▼imdkm_ ある意味一番日常を感じさせてないような ▼tomad_ 普通に大学いってデカルトとか勉強して、寝て、クラブいって、バイトしてるだけだよ！ ▼imdkm_ なんのバイトしてんの ▼tomad_ ふつうにスーパーとかで出会いないから。
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ICR-PS285RM ファームウェアアップデート Ver.1.11 2008.03.12
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シン石丸の電脳芸事ニッキ
アキバ系!電脳空間カウボーイズのシン石丸の舞台裏的ブログです
Kumamushi Genome Project
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Genome sequence of an extreme animal
Kumamushi is tardigrades (water bears) in Japanese. This tiny animal is phylogenetically interesting as they are believed to sit in-between worms and arthropods on the tree of life. Besides, this organism is known to survive the following extreme environments when dehydrated.
High (151°C)[1] and low (-273°C)[2] temperatures.
High (7.5GPa)[3] and low (open space vacuum)[4] pressures.
X-rays (5,000Gy)[5], Gamma-rays (6,000Gy)[6,7], and Helium ion beam (7,000Gy)[7] radiations.
Our goal is to reveal the molecular basis of tolerance to those enorm
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