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コラム 108342
実験 68010
調査 65104
ACP BIANCHI HUNT BTWIN CADEX CAPO CHRIS KING CICLOVATION CloseTheGap DURA-ACE FAIRWEATHER FFWD FIRE FIRST Fizik GEERTOP GOHIKE GROWTAC guee HIRAME HIRZL iGPSPORT MAMMUT MAVIC MAXXIS MINOURA Muc-off OGK KABUTO Outbound Lighting PB SWISS TOOLS PowerTap PRO STAR Ride with GPS Santic SPINERGY Tacx Vesrah Voile Strap XLAB YOELEO マルニ 同人誌 大型サドルバッグ 富士彫刻工業所 日泉ケーブル 若林製作所 電子書籍
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2025年06月06日
セマルハコガメ産卵！
セマルハコガメの卵。
セマルハコガメが今年初の産卵！
大きな卵を2個産みました。 pic.twitter.com/gzPJ7SeNeC
— AntRoom 島田拓 (@AntRoom_taku) June 4, 2025
6/4の夕方、セマルハコガメが卵を二個産みました！
産卵から二日経ったところ、白い線が出てきたため有精卵ではないかと思います。
実は去年は無精卵しか産まなかったので、今年は孵化してほしいです。
おそらく1ヶ月後にも再び産卵するはずなので、メスには栄養たっぷりのエサをたくさん与えます。
antroom at 12:05│コメント(0)│セマルハコガメ
数ヶ月前も、丸山さんと遠い国へ行き撮影をしてきました。
この写真は幼い頃から憧れていた国で、好蟻性生物を撮影しているところ。
テレビでこの場所の映像を見るたびに、あの石の下にはどんな生き物がいるのだろう？と思い続けていて、それを見る夢が叶った瞬間でした。
antroom at 12:28│コメント(0)│アリと暮らす生物（好蟻性昆虫など）｜新商品
アリと暮らす生物（好蟻性昆虫など） (520)
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セマルハコガメ (34)
6月6日(金) 19:00 更新
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2025-06-05
Dereplicationと再アセンブリによってMAGの品質を向上させる MAGmax
2025 Preprint dereplication
メタゲノムアセンブリゲノム（MAG）の数は、メタゲノム研究の規模拡大に伴い急速に増加しており、微生物叢研究の急速な進展を牽引している。計算効率と株レベルの解像度の観点から、サンプルごとのアセンブリが標準的な手法となっている。これには、異なるメタゲノムサンプルでアセンブルされたほぼ同一のゲノムを除去する「重複除去（dereplication）」が必要になる。本著者らはMAGmaxを開発した。これはビンのマージと再アセンブリ戦略により、MAGの数と品質の両方を向上させる効率的な重複除去ツールである。dRepがゲノムクラスタごとに単一の代表ビンを選択するのに対し、MAGmaxはクラスタ内の複数のビンをマージして再アセンブリすることでカバレッジを向上させる。MAGmaxはdRepと比較して、1.6倍の速度で3分の1のメモリ使用量ながら、より多くのdereplication済みで高品質なMAGを生成する。
MAGmaxはサンプル固有のゲノムビンを入力として受け取り、ユーザー定義の純度閾値（デフォルト：95%以上）に基づいてフィルタリングする。skani[6]と深さ優先探索アルゴリズムを使用して、ビンペア間の平均ヌクレオチド同一性（ANI、デフォルト：99%）に基づき、これらのビン間の単一リンク接続成分を識別する。各成分内で、最大クリーク検出を用いてクラスターを形成する。このアプローチでは、1つのビンが複数のクラスターに属することが可能である。アルゴリズムは、ANIカットオフ以上の配列同一性を持つすべてのビンペアが一緒にグループ化されることを保証する。どのクラスターにも属さないビンは、少なくとも1つのクラスターメンバーとの間でANIがカットオフを超える場合、既存のクラスタに追加される。
各クラスタについて、MAGmaxは品質スコア（完全度－5×汚染度、完全度90%以上、汚染度5%未満）が最高の代表ビンを選択する。該当するビンが存在しない場合、クラスタ内のビンはSPAdes[10]を使用してマージ・再アセンブルされる。再アセンブルされたビンの品質スコアは元の入力ビンと比較され、最良の品質スコアを持つビンが選択される。最後に、MAGmaxは冗長性除去を実施し、ANIカットオフを超えるペアから最高品質のビンのみを保持する（論文図1a）。マージと再アセンブルによって改善された非冗長なゲノムビンセットと、CheckM2[9]によって推定されたビンの完全度と汚染度をリストしたテキストファイルが得られる。
インストール
condaで環境を作って導入した。
Github
#1 本体
mamba create -n magmax -y
conda activate magmax
mamba install -c bioconda magmax -y
#2 aligner2countsもmapidファイルを作るのに必要
mamba install -c bioconda aligner2counts
#1 pre-built executable.
wget https://github.com/soedinglab/MAGma/releases/download/v1.0.0/magmax-linux.tar.gz
cd magmax-linux/bin
chmod +x magmax
sudo cp magmax /usr/local/bin/
> magmax -h
MAGmax: A tool to MAXimize the yield of Metagenome-Assembled Genomes (MAGs) through merging and resssembly.
Usage: magmax [OPTIONS] --bindir <BINDIR> --readdir <READDIR> --mapdir <MAPDIR>
Options:
-b, --bindir <BINDIR>
Directory containing fasta files of bins
-r, --readdir <READDIR>
Directory containing read files
-m, --mapdir <MAPDIR>
Directory containing mapids files
-i, --ani <ANI>
ANI for clustering bins (%) [default: 99]
-c, --completeness <COMPLETENESS_CUTOFF>
Minimum completeness of bins (%) [default: 50]
-p, --purity <PURITY_CUTOFF>
Mininum purity (1- contamination) of bins (%) [default: 95]
-f, --format <FORMAT>
Bin file extension [default: fasta]
-t, --threads <THREADS>
Number of threads to use [default: 8]
--split
Split clusters into sample-wise bins before processing
-q, --qual <QUAL>
Quality file produced by CheckM2 (quality_report.tsv)
--assembler <ASSEMBLER>
assembler choice for reassembly step (spades|megahit), spades is recommended [default: spades]
-h, --help
Print help
-V, --version
Print version
テストラン
binディレクトリ、mapidファイル、fastqファイル（複数にも対応）、checkM2のクオリティレポートを指定する（紹介）。
git clone https://github.com/soedinglab/MAGmax.git
cd MAGmax/
magmax -b test/bins -m test/mapids -r test/reads -t 24 -q test/quality_report.tsv
出力
入力コンティグの配列名は、サンプルIDとコンティグIDを"C"で区切った形式（例：sample1Ccontig1）である必要がある。
また、FASTQファイルのリードIDはスペースまたはタブで区切られている必要がある。さらに、下の画像のようなMapid filesファイルも必要（*1）。
引用
Enhancing genome recovery across metagenomic samples using MAGmax
Arangasamy Yazhini, Johannes Söding
bioRxiv, Posted June 01, 2025.
*1
bowtie2-build all_bins.fasta bins_index
bowtie2 -x bins_index -1 sample_R1.fastq -2 sample_R2.fastq -S sample.sam -p 12
samtools view -bS sample.sam | samtools sort -o sample.sorted.bam
samtools index sample.sorted.bam
aligner2counts only-mapids sample.sorted.bam > sampleA_mapids
複数サンプルある場合、それぞれのfastqでマッピングしてmapidファイルを作成する。
関連
機械学習を用いた微生物ゲノム品質の迅速で正確かつスケール可能な評価ツール CheckM2
複数メタゲノムアセンブリのアセンブリ精度を比較して、種レベルでユニークな配列セットを得る dRep
kazumaxneo 2025-06-05 22:04 読者になる
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最終更新: 2025-06-05 22:04
Dereplicationと再アセンブリによってMAGの品質を向上させる MAGmax
Preprint (387)
2025 (24)
dereplication (14)
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2石 から ソニー「FX2」の予約注文は非常に低調
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水野源
2025-06-04
スジエビ B-2タイプ (06/06)
ミダレカクモンハマキ (06/06)
蛾 (285)
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2025年06月 (20)
スジエビ B-2タイプ
author : yohbo
※ＨＰでのまとめ （→）特定外来生物 ツマアカスズメバチ！
※このブログ内の関連記事 （→）ツマアカスズメバチ （しばらくトップに置きます）
厳原町 Izuhara-machi 2025/5/26
スジエビの分類は混乱しているようで、対馬産は宮城県牡鹿半島以南～屋久島にかけて分布する隠蔽種の「スジエビB-2タイプ」とする考えがあり、対馬は飛び地的な特異な分布となっています。
▼ 拡大できます…｡ クリックしてみてください。
▲スジエビB-2タイプ Palaemon sp. -OLYMPUS STYLUS TG-6-
▼ 拡大できます…｡ クリックしてみてください。
▲スジエビB-2タイプ Palaemon sp. -OLYMPUS STYLUS TG-6-
| その他 | 23:46 | comments(0) | - |
2025.06.06 Friday
ミダレカクモンハマキ
author : yohbo
※ＨＰでのまとめ （→）特定外来生物 ツマアカスズメバチ！
※このブログ内の関連記事 （→）ツマアカスズメバチ （しばらくトップに置きます）
厳原町 Izuhara-machi 2025/5/26
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▲ミダレカクモンハマキ Archips fuscocupreanus Walsingham, 1900 -OLYMPUS STYLUS TG-6-
| 蛾 | 22:30 | comments(0) | - |
2025.06.06 Friday
2025-06-06
彩の森入間公園上池・下池（埼玉県入間市）
埼玉県
米軍基地跡の残り香も次第に薄く
2014年の初訪時はGoogleマップでは「ジョンソン基地跡地公園」と表記され、この記事も「ジョンソン基地跡池（仮称）」という名で公開したが、10年後の再訪時には米軍基地の残り香はすっかり薄くなって、公園名も「彩の森入間公園」に。
園内の池は上池と下池のふたつからなり、地域の防災機能を兼ねた公園池として開放されている。
周辺はかつてジョンソンタウンと呼ばれ米軍由来の雑貨店やカフェが立ち並んでいた。航空自衛隊入間基地も隣接。
バーベキュー場あり。
米軍基地跡の残り香も次第に薄く
池の景観
美しく親しみやすい緩傾斜の草地護岸
上池
下池
施設・設備
せせらぎ水路と大きなベンチ
いざというときはカマドになるベンチ
速く走るのが禁止の湖周路
コンクリート親水護岸
池が見えるテラス
水飲み場
無料駐車場
米軍基地の名残り？（2014年）
カワセミと鯉、亀捕獲器
動植物
案内板
2024年
2014年
池の景観
美しく親しみやすい緩傾斜の草地護岸
上池
下池
施設・設備
せせらぎ水路と大きなベンチ
水遊びのできるせせらぎ水路は魚影が濃く子どもも喜びそう。水路わきに、やけに大きなベンチがあって、リハビリ中の義母が腰かけたら、あれ・・こびと！
いざというときはカマドになるベンチ
公園は防災拠点にもなっている。
速く走るのが禁止の湖周路
公園内の散策路の赤色ゾーンは自転車もダメ、犬の散歩もダメとルールが厳しいが、義母の歩行リハビリにはちょうどよかった。
コンクリート親水護岸
ミドリガメにちょっかいをだす義母。
池が見えるテラス
水飲み場
無料駐車場
米軍基地の名残り？（2014年）
公園内の時計に無意味に英語が書かれており、これは米軍基地の名残りだろうか。
カワセミと鯉、亀捕獲器
動植物
案内板
2024年
2014年
マークした場所は駐車場。
cippillo 2025-06-06 18:00 読者になる
2025-06-06
彩の森入間公園上池・下池（埼玉県入間市）
2025-06-06
日の出第1近隣公園の三角池（茨城県潮来）
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桜山公園の池（群馬県藤岡）
イラスト付き (828)
群馬県 (229)