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2025-05-07
有能なんだか無能なんだか
どんよりしながら大学へ。ゲラを送り返すと、あまりの早さに目を疑った、とのお返事。いやでも5日もかかってるよ。ミシマ社で鍛えられているこのオレだが、一方のこの出版社に書いている同業の皆さんはよっぽど仕事が遅いらしい。授業2コマに会議2つ。会議が全部で20分で終わった。やればできるじゃん。っていうか、そんなんなら物理的に集まらなくても良いのでは？さてちょっとラズパイで遊んでみようといろいろ部品を集めてるのだけど、ディスプレイケーブルを間違ってたりとかメモリカードが重複してたりとか間抜けをいくつかしでかしていることが判明した。一人で赤面。いやしかしミスを繰り返して覚えて行くのだから、と自らを慰める。成長がないね。
kensuke_nakata 2025-05-07 00:00 読者になる
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2025-05-06
さよならオレの自由な日々
先々週の木曜日から続く私の黄金の日々も今日で終わりだ。これだけ長いとドンヨリしちゃう。で、ということは金曜日に届いたゲラを今日のうちに片づけなければならない。のでガシガシ読んでiPad＋Apple pencilで赤字を入れまくる。なんか改めて読むと、無駄に持って回った書き方が多いので削る削る削る。書いてる時は文字数を埋めることに意識が行ってて薄めた文章にしていたようである。いかんいかん。3周読んで、赤字が大量に入り、ファイルサイズが肥大したせいか、最後の頃はPDFアプリが頻繁に落ちるようになった。iPadの校正は、直しも試行錯誤できてサイコーなんだが（紙に赤鉛筆だとぐじゃぐじゃになるところ、Apple pencilで書いた赤字は消せるからね）、あまりやりすぎるとこうなるのね。
kensuke_nakata 2025-05-06 00:00 読者になる
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有能なんだか無能なんだか
さよならオレの自由な日々
シナハナムグリが飛ぶ空間 (05/09)
コガネムシ (124)
2025年05月 (21)
2025.05.09 Friday
シナハナムグリが飛ぶ空間
author : yohbo
※ＨＰでのまとめ （→）特定外来生物 ツマアカスズメバチ！
※このブログ内の関連記事 （→）ツマアカスズメバチ （しばらくトップに置きます）
厳原町 Izuhara-machi 2025/4/8
シナハナムグリが飛ぶ空間。2週間もすれば潮風の中でウラジロミドリシジミが…。
▼ 拡大できます…｡ クリックしてみてください。
▲シナハナムグリが飛ぶ空間 -OLYMPUS STYLUS TG-6-
| コガネムシ | 08:44 | comments(0) | - |
ラジコン向けの選別済みセラミック製ベアリングセットがCWTPから
LGGのコントロール系マウスパッド「Saturn Pro」に新色ブルーが登場
Core i5-10310Uや16GBメモリ搭載の12.1型「Let's note」が54,800円！中古品セール
2025-05-08
採った
仕事 研究
豪快に二度寝してもうて7時前に出勤。
研究室に到着後まずは学会地区会関係の事務仕事とメール書き。
学生が来たところで研究の相談を挟む。
そしてまた事務仕事のメール書き。
時間になったところで学生と一緒に外へ。
車を東に走らせて街中の公園でカメムシ採集。がっぽり採れる。土も採る。
研究室に戻って、コンビニ冷やしラーメンで昼飯。
午後はまずメール対応。
そのあと採ってきた土の処理。
お次は細菌の培養をセット。
メール書きと飼育容器を注文したあと、移動して学部の会議。思ってたよりも長引く。
終了後、今日はここまで。
スーパーで買いもんしてから帰宅。
メール書きのあと、風呂。
筋トレとストレッチ。
明日の荷造りをして終わり。
marukamemushi2014 2025-05-08 00:00 読者になる
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採った
2025年 05月 09日
5月8日のtwitter
2025年05月08日(木)10 tweets
11時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
ギリギリで20℃には届かなかったらしい を投稿しました shinka3.exblog.jp/33737421/ #エキサイトブログ #エキブロ
posted at 21:41:05
13時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【黄金の調度品でいたるところギラギラ】「金ぴか時代」の王を目指すトランプの下、ホワイトハウスはこんなに変わり果てた newsweekjapan.jp/stories/world/… 暖炉の上や肖像画の下、ドアの上の塑像にまで金の装飾。執務机の後ろにも、ロココ調の鏡や金メッキのフィギュア、FIFAワールドカップのレプリカまで。
posted at 19:43:43
18時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【なんでも金儲けの手段にすることに感銘すら受ける】中国人3人、国の天然記念物オカヤドカリ数千匹160キロをスーツケースに詰め込む 無許可持ち出し疑いで逮捕 奄美大島(南日本新聞)news.yahoo.co.jp/articles/173a8… 容疑者は共謀して、許可を受けず計約160キロ・数千匹オカヤドカリを持ち出そうとした。
posted at 14:45:11
18時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【悲しいお知らせ】ローソンの万博会場内の店舗 開幕日は売上高が“世界一”に 「からあげくん」1883個販売(読売テレビ)news.yahoo.co.jp/articles/69669… 他のものが高すぎて買えない客が、ローソン価格の「からあげくん」に殺到せざるを得なかったということではないのでしょうか（涙）。
posted at 14:24:39
18時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【杉田水脈氏の発言に近いニオイを感じます】西田氏、ひめゆり巡る発言は撤回せず「切り取られて誤解生んだ」(毎日)news.yahoo.co.jp/articles/9b4dd… 自民党の一部にこのような、フェイクであることが明らかな極右的発言を歓迎する集団がいて、この方もそのような勢力に迎合すべくこうした発言を繰り返す。
posted at 14:18:23
18時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【お気の毒なことだけど、こうして古い観光地が消えていく】「なんもかも灰になった」城崎温泉火災、GWの観光街騒然｜毎日 mainichi.jp/articles/20250… 2015年1月3日、温泉街の店舗兼住宅など12棟が全半焼し、高齢者2人が犠牲になった。当時は復旧、生活再建が長期にわたり、住民への寄付活動なども。
posted at 14:12:59
18時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【ギリギリで目的地を変えられる日本人と変えられない海外からの旅行者】日本人が国内観光地離れ 京都など「混雑は嫌」、宿泊費高騰も逆風 - 日経 nikkei.com/article/DGXZQO… 深刻なオーバーツーリズム（観光公害）が続く国内の有名観光地への旅行を日本人が敬遠する動きが出てきた。当然の帰結。
posted at 14:06:38
19時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
posted at 13:52:39
19時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【どう考えても、法律ならびにNHK、ならびに機能をオフにしないメーカーがおかしい】カーナビ搭載の公用車、NHK受信料の未払い相次ぐ 1000万円超えも…自治体に波紋(産経)news.yahoo.co.jp/articles/fc127… カーナビは「放送法第64条によって規定されている『協会の放送を受信することのできる受信設備』」
posted at 13:35:29
5月8日
TOCHINAI Shin@5goukan
5月7日のtwitter を投稿しました shinka3.exblog.jp/33736933/ #エキサイトブログ #エキブロ
posted at 07:52:31
0
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# by stochinai | 2025-05-09 09:03 | コンピューター・ネット | Comments(0)
2
1
5月8日のtwitter
at 2025-05-09 09:03
2025-05-09
類似した株のマッピング識別のため存在量を考慮したメタゲノムリードの再割り当てを行う Mora
2024 BMC Bioinformatics metagenome abundance estimation in metagenomics data
メタゲノムシーケンスによって微生物コミュニティを解析する場合、基本的なタスクは、特定のシーケンスリードがどの参照ゲノムに由来するかを決定することである。これにより、微生物の組成に関する情報が得られ、遺伝的変異のマッピングベースの解析が可能になる。処理パイプラインの一般的な最初のステップは、Kraken2、CLARK、Centrifugeなどの高速分類学的リード分類器を使用することである。このような方法は非常に高速だが、リードを株レベルに割り当てるには感度が十分ではない。株レベルの解析は機能的に重要な意味を持つため、系統レベルのリードを解析できる高感度な手法が必要である。
株レベルでリードを解決するには、Bowtie2、Minimap2、CORA（Moraとは無関係）などのリードアライナーを用いて、候補リファレンスゲノムセットにリードをより敏感にアライメントし、最適な参照ゲノムを正しい割り当てとするのが素朴なアプローチだろう。しかし、株レベルのリファレンスゲノムは大きな類似領域を共有しているため、多くのあいまいなマッピングが避けられない。この制限を克服するために、リファレンス株の候補セットの存在量情報を統計的に計算し、十分高い存在量を持つリファレンスのみを使用することができる[11,12,13,14]。その後、「正しい」リファレンス株、すなわちメタゲノミックサンプル中に豊富に存在すると思われるリファレンス株にリードを再割り当てすることができる。このアプローチは、皮膚メタゲノムのショートリード株レベルの曖昧性解消のガイドとして使用された[15]。さらにプロファイリングのあいまいさをより定量化するためにleast common ancestorアプローチを用いていてロングリードの分類学的プロファイリングが報告された[16]。
しかし、アバンダンスの推定値を維持しながら、正しいリファレンスにリードを再割り当てすることは、非自明である。例えば、マルチマップされたリードを、仮にマッピングされた最も存在量の多いリファレンス株に割り当てた場合、2つの株間の類似領域から来たすべてのリードは、1つの株（この場合は最も存在量の多い株）にのみマッピングされる。これはリードの正確な割り当てではなく、存在量に歪みを与える。重要なことは、すべてのアルゴリズムがアバンダンスの推定とリードの割り当てを行うわけではないということである。いくつかのアルゴリズムはアバンダンスだけを計算し、再割り当てされたリードを出力しない[17,18,19]。
本論文では、ロングとショート両方のリードに対して、高感度で効率的なメタゲノムリードの再割り当てと菌株レベルでの存在量計算を可能にするツールMoraを紹介する。Moraは、SAMまたはBAM形式のアライメントとリファレンス株のセットが与えられた場合、サンプル中に存在する各リファレンス株の存在量を計算し、存在量の推定値が維持されるような方法で、リードを正しいリファレンス株に再割り当てする。この問題を最適化問題として厳密に定式化し、発見的アルゴリズムについて証明可能な保証を与える。Moraが、ショートリードのシミュレーションデータにおいて、サンプル中に存在する類似株の曖昧性を解消する上で、最新のリード再割り当て器であるPathoscope2[12]よりも効果的であることを示すとともに、1桁高速であることを示す。さらに、MoraはPathoscope2、Kraken2、Clarkと比較して、F1スコアが同等であることを示す。その後、リアルデータでも結果を検証する。
レポジトリより
Moraは、クエリリードを一意の参照に再割り当てするリード再割り当て器である。
Moraの主なステップ
入力SAMファイルに基づいてリファレンスの期待されるアバンダンスレベルを計算する。マッピングスコアと期待される存在量レベルに基づいて、少なくとも1つの有効なマッピングを持つ各クエリを参照に割り当てる。
結果をtxtファイルに出力する。
use case
https://github.com/ivlachos/agamemnon/wiki/Use-case
インストール
Ubuntu22でテストした。
依存
Rust and Cargo need to be installed to and added to PATH.
Github
git clone https://github.com/AfZheng126/MORA.git
cd MORA
cargo build --release
> cargo run --release -- -h
もしくは
> target/release/mora -h
Mora 1.0
andrewf.zheng@mail.utoronto.ca
Read Re-Assignment
USAGE:
mora [OPTIONS] --sam <SAM File> --output <Output>
OPTIONS:
-s, --sam <SAM File>
path for sam/bam file
-m, --method <Method>
mapping method: (pufferfish, bowtie2, minimap2) [default: pufferfish]
-o, --output <Output>
path for final output of assignments
-c, --minCnt <Min Count>
minimum count for a reference to be valid [default: 0.1]
--final_method <Final Method>
Assignment method for left over reads [default: none]
--max_em <Max EM iterations>
maximum allowed iterations of EM [default: 300]
--min_score_diff <Min score diff>
minimum difference between mapping scores divided by best mapping score for second step
[default: 0.5]
--segment_size <segment size>
size to split referenes into [default: 100]
-a, --abund_out <Abund output>
path for abundance output
-t, --threads <Threads>
number of threads for rayon to use [default: 3]
--tax <taxonomy>
write output with taxonomy details with provided tax directory
-h, --help
Print help information
-V, --version
Print version information
テストラン
git clone https://github.com/AfZheng126/MORA.git
cd MORA/sample/
mora --sam test.sam --output out
出力例
その他
SAM/BAMファイルがなく、代わりにクエリファイルが.fasta、.fq、または圧縮 ファイルとしてある場合、最初にSAM/BAMファイルを作成するためのSnakemakeパイプ ラインを使う（pair-endのファイル名は*_1.fqと*_2.fq）
引用
Mora: abundance aware metagenomic read re-assignment for disentangling similar strains
Andrew Zheng, Jim Shaw & Yun William Yu
BMC Bioinformatics volume 25, Article number: 161 (2024)
関連
KrakenUniq
転写産物レベルで正確なリードカウントを行う RSEM
種の存在量を推定する Bracken
メタゲノムのリードカバレッジ とrelative abundanceの計算ツール coverM
kazumaxneo 2025-05-09 03:36 読者になる
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2025/05/08 誤字修正
クエリと類似した構造のペアワイズ構造アラインメントを示すスキマティックアラインメントが表示される。アラインメントは、サブミット前の選択されたソート順にTM-score値に従って色分けされている（下の写真では赤だけだが、整列状態が弱いと別の色になる）。アライメントまたは表のIDをクリックすると、対応するペアワイズアライメントにジャンプする。
表の下には、全ヒットについて二次構造要素を視覚的に表現した構造アラインメントが表示される。
アラインメントの上下のSSの行は
個々のaccession protein IDをクリックすると、PDBの場合はPDBの該当する構造のページにジャンプする。
選択したペアワイズアラインメントに基づいてMSAを可視化できる。構造を左のボックスから選択し、Construct MSAをクリックする。
タンパク質構造アライメントには、最適な重ね合わせ、すなわち、残基間の距離を最小にしながら、アライメントされた残基の数を最大にする、という重要な計算上の課題がある。DALI、SSAP、CE、MAMMOTH、LGA、TM-alignなどの既存のツールは大きな貢献をしているが、大規模なデータセットに適用すると計算量が膨大になる。最近のアプローチの中には、あらかじめクラスタ化された構造データベースを活用して検索を高速化するものもあるが、非常に大規模なデータセットでは計算性能の限界が残る。逆に、スピード[15]に最適化されたツールは、生物学的に重要な構造の類似性に対する感度を犠牲にすることが多く、進化的・機能的関係を見落とす可能性がある。このトレードオフの関係から、効率と精度の両方を達成するタンパク質構造アライメントツールの重要性が浮き彫りになるGTalignは、高精度と高速性を兼ね備えた、空間インデックス駆動型の新しいタンパク質構造アライメントツールである。
2025/05/08 追記
3、load-shmでインデックスを共有メモリに読み込む。-l 150でリード長を指定、-g 121 で使用するHugepage数（step2ので指定した値）を指定。-HでHugepageのサイズを指定（1gb）。*3 *4
*4
HugePagesを確保するには、物理メモリ上に連続した領域が必要なため、空きメモリが多数あってもメモリの断片化によって連続して1GB以上空いている領域が少ないと確保できない可能性がある。その場合はサーバーを再起動した直後に実行する。
最終更新: 2025-05-09 03:36
類似した株のマッピング識別のため存在量を考慮したメタゲノムリードの再割り当てを行う Mora
metagenome (278)
BMC Bioinformatics (141)
2024 (115)
abundance estimation in metagenomics data (31)
コラム市場飯
小田原の朝ご飯、土曜日はカレー
やっぱりカレーは大盛りに限る
2025年５月３日、土曜日なので、港のおっかさんのところはカレー。
連休中なので店は混んでいた。
ちなみにボクたちが行くのは８時前だ。
この時間、当日の魚はまだ来ていない。
市場人以外は、少し後の方がいいのだよ。
おっかさんのカレーはちょっと辛口だ。
期待でわくわく。
でもボクのお腹を見て、小森和子が出て来た。
あとで涙がぽろぽろぽろりんこ。
黙っていても大盛りが出てくる、お腹になりたい。
コラムおさかな365以上日記
2025/05/08 掲載
５月、北海道噴火湾からオオズワイ雌
サメ・エイの食文化学基本のキ
食用貝類基本のキ
寄生虫学事始め
調味料図鑑
2025-05-07
来客
日記
午後に韓国からAhnさんご夫妻が来松。空港にピックアップしに行き、ミュージアムを紹介しそのままゲストハウスに。
yoshitomushi 2025-05-07 00:00 読者になる
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日記 (3670)
論文 (3327)
テントウムシ科 (83)
ミジンムシダマシ科 (3)
来客
2025-05-08
長太郎池（東京都三宅島）
東京都 離島 イラスト付き
海の奥に見えるのは御蔵島。長太郎池という名は付いているが、実態は海岸のタイドプール
溶岩が作った離島のタイドプール
手軽にダイビング気分が味わえる天然の海岸プールで、夏場は子どもたちの水遊び場になる。
形態としてはタイドプールで、直接の成因は二千年から三千年前の噴火活動だけに、遊歩道の擁壁などはよく見ると溶岩でできている。
池ではベラ類といった魚をはじめ100種類以上の生物が確認されている。といっても満潮時は外海と通水するので池に定着している生物ばかりではなさそうだ。
駐車場、トイレ、案内板あり。
溶岩が作った離島のタイドプール
長太郎池での海水浴（書籍より）
溶岩で造られた擁壁
満潮時の長太郎池
長太郎池近くのカフェ
長太郎池近くの居酒屋
長太郎池の駐車場・トイレ
長太郎池へのアクセス
全国のタイドプール事例
マップ
島池さんぽマップ
Google マップ
右手に見える溶岩流は、およそ2000～3000年前に流出した溶岩で、その上下に土石流などによる二次堆積物が見られます。
溶岩流の高温により、下の層が赤く焼けています（高温酸化）。溶岩流の断面がよく見えていますので、どんな構造を持っているか観察してみましよう。この溶岩流の下からは、炭化木（溶岩流の高温で木が焼かれ炭化したもの）なども見つかります。
長太郎池（ちょうたろういけ）は、これらの溶岩の流出によってできました。長太郎池の周囲には、「溶岩じわ」が観察できます。溶岩流の流れに直行する方向に溶岩がたわんで凹凸ができ、その凹地に海水が入りこんでタイドプールになったのです。
長太郎池での海水浴（書籍より）
溶岩で造られた擁壁
満潮時の長太郎池
長太郎池近くのカフェ
長太郎池近くの居酒屋
長太郎池の駐車場・トイレ
長太郎池へのアクセス
「長太郎池」を示す道標がある。
全国のタイドプール事例
bunbun.hatenablog.com
bunbun.hatenablog.com
マップ
島池さんぽマップ
Google マップ
cippillo 2025-05-08 07:37 読者になる
2025-05-08
長太郎池（東京都三宅島）
イラスト付き (824)
離島 (884)
東京都 (332)