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4月3日(木) 17:05 更新
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NZXT+ASRockパーツを使った“黒+ライティング”テーマのPC、ドスパラで展示スタート
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ゲーミングPCやノートPCが64,700円から！パソコン工房通販で「スプリングセール」開催
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CHERRY MX2Aキースイッチ採用のLEOPOLD製メカニカルキーボードが計48製品
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4月2日(水)
2025年 04月 03日
4月2日のtwitter
2025年04月02日(水)12 tweets
10時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
札幌市の積雪は2センチまで減った を投稿しました shinka3.exblog.jp/33713327/ #エキサイトブログ #エキブロ
posted at 21:30:13
16時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【危険なものという印象しか思い浮かばない】ChatGPTがGoogleドライブを始めとする社内データソースを読み取って回答可能に、企業向けのChatGPT Teamsでベータ提供を開始－Publickey publickey1.jp/blog/25/chatgp… 情報流出の温床になりそうでならない。
posted at 15:13:23
16時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【番組を中断されて悪印象を生むだけ】「CMに何十億円投資しても売上も利益も変わらない」かつてキットカットのCMを中止したネスレ日本元社長・高岡浩三氏が考える“テレビCMの価値”「『広告しないと商品が売れない』は時代遅れ」マネーポストWEB moneypost.jp/1254251 CMなしで番組買うのが未来的
posted at 15:09:43
16時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【絶滅寸前になってきたらしい（笑）】《生態に意外な変化》混雑した駅などに出没する「ぶつかり男」が減少？インバウンドの女性客にぶつかるも逆に詰め寄られ、あわあわしながら去っていく目撃談も｜ポストセブン news-postseven.com/archives/20250… 待ち受けて逆襲する女子も増えたようだ。
posted at 15:00:47
16時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【反対している宗教団体などの票が欲しいだけなのでは？】推進論は「家解体のイデオロギー」自民保守派、夫婦別姓反対の提言：朝日 asahi.com/articles/AST41… すでに解体されてしまっている「日本の家概念」などというものが、選択的夫婦別姓に反対することで再構築されるという論理が理解不能。
posted at 14:52:54
17時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【世界中がフェイクや理不尽に満たされている今日、エイプリルフールは生きる場を失ったと見るべき】「ほっかほっか亭」が「ライス販売停止」エープリルフール投稿を謝罪「配慮が足りなかった」(日刊スポーツ)news.yahoo.co.jp/articles/185bf… 大手メディアなども自粛したのでは？
posted at 14:13:36
17時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【短気は損気】数カ月内での「ウクライナ和平実現」に懐疑的...トランプ政権内でいら立ち newsweekjapan.jp/stories/world/… 米はここ数週間、ウクライナの交渉姿勢や鉱物協定への抵抗について不満を漏らしてきたが、関係筋によると、最近はロシアのノラクラにいらだっている（笑）。すでに負けてる。
posted at 14:05:04
17時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【いつまでたっても社会が変わらないので、学生が逃げただけ】博士課程の奨学金受給者の約４割が留学生、問題は日本社会の側にある newsweekjapan.jp/reizei/2025/04… 、問題の本質は、「日本人学生が人文系の博士課程に行かない」こと。大学教員になるなら海外の大学院進学が有利、就職も不利になるだけ
posted at 13:59:36
17時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【いろいろ言うより、金を配るのが一番（笑）】石破首相、参院選へ「国民負担減」強調…ガソリン・コメ価格抑制策や「年収の壁」検討など列挙：読売オンライン yomiuri.co.jp/politics/20250… 選挙対策として、国民の経済的負担を軽減しようというのだろうが、国民をあまりバカにしないほうがいい。
posted at 13:52:51
17時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【トランプの言葉は開戦宣言とも言える狂気】トランプ氏「グリーンランド、100%手に入れる」新首相「ない」(朝日)news.yahoo.co.jp/articles/07feb… グリーンランド新首相のイェンス・フレデリック・ニールセン氏（33）は30日、「はっきりさせておく。米国がグリーンランドを手に入れることはない」
posted at 13:47:50
18時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
【今の日本では、他人を信じてはいけないようだ】数値の書き換えに加え、マンションの建てる方角まで間違っていた…！数々の欠陥が発覚した東急不動産の高級マンションで、住民たちが提訴を決意するまでの一部始終 gendai.media/articles/-/149… 下手をすると裁判に振り回されて、一生を終えることになる！
posted at 13:37:53
23時間前
TOCHINAI Shin@5goukan
4月1日のtwitter を投稿しました shinka3.exblog.jp/33712862/ #エキサイトブログ #エキブロ
posted at 07:55:18
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# by stochinai | 2025-04-03 07:43 | コンピューター・ネット | Comments(0)
4月2日のtwitter
at 2025-04-03 07:43
リスク比較
動物実験の結果から化学物質の死亡リスク、損失余命、DALYを求める方法の一案～PFOS・PFOAを例に～
リスク比較ではさまざまなリスクを統一指標で評価する必要がありますが、化学物質のリスクは動物実験から評価することが多いため、死亡率や損失余命、DALYなどの指標で表現することが困難です。そこで、動物実験の結果のみを用いて死亡率、損失余命、DALYを求める簡易な方法を提案します。
2025.03.31
リスク比較
2025-04-01
AmazonセールでPCオーディオを強化するセット（予算1.5～2.5万円）
AV オーディオ イヤホン スピーカー PC
1.5万円
Edifier P12 2ウェイブックシェルフスピーカー パッシブスピーカー (ペア)- デスクトップpcスピーカー 木製 - 壁掛けブラケット内蔵、ホーム、カラオケ、スタジオ、音楽用 (レシーバー/アンプは別売り)
Edifier
Amazon
アップグレード版 Nobsound NS-01G Pro パワーアンプ bluetooth 5.0 100W アンプ スピーカー用 デジタルパワーアンプ HiFi オーディオ 電源付き (ブラック)
Nobsound
Amazon
安価なパッシブスピーカーのお勧めとして、Edifier P12があるのだが、セールで1.1万円ぐらいになる。それと定番の中華アンプNobsound NS-01G Proという組み合わせだ。Edifier P12にスピーカーケーブルがついているので購入しなくていい。PCとの接続にはmicroUSBケーブルも必要だが100円ショップでも売っているのでいれていない（最近はmicroUSBのケーブルを売ってないかも）。
この組み合わせは1万円以下のPC用アクティブスピーカーよりはるかに音質が良いことは保証する。難点としては、Edifier P12が結構大きいことで、高さ23.9cm✕幅12.7cm✕奥行き16.8cmである。もっと小さい製品が欲しい人はEdifier M60が良い。また、アンプにヘッドホン出力がないことと、ハイレゾに対応してない点も注意して欲しい。
今回紹介した製品の中で、Nobsound NS-01G Proだけは所有しているので、明確に言えるが、価格から考えると、音質は良いが、もっと高いアンプと比較すると、やはり音質差は歴然とあるので、耳が肥えているという自信のある人はもっと高いアンプを買って欲しい。
※Edifier P12のレビュー
Nobsoundの"Tone"とEdifierの"P12"で高コスパデスクトップオーディオを組んだのでレビューする - DOING THINGS RIGHT
JBL PebblesをEdifier P12にアップグレードした - 東京に住むプログラマの思うところ
kanose.hateblo.jp
この記事を書いてから、もう4年以上経ってしまったが、いまだにこの組み合わせが低価格帯のベストというのも驚く。
ただ、もう少し予算を出せるのなら、最近のPCスピーカーの定番となりつつあるEdifier M60を買った方がいいだろう。普段は23,980円だが、セールになると18,980円とかなり安くなる。ハイレゾに対応し、配線もごちゃごちゃしなくて済むのが魅力だ。ただし、ヘッドホン出力はないので注意。それとレビューを読んでいてちょっと気になったのが、音量調整が16段階しかないという点。ちょっと少なめだ。
「VGP2025金賞&コスパ大賞」Edifier M60 マルチメディアスピーカー 66W Bluetooth 5.3 ハイレゾワイヤレス コンパクトなデザイン 専用アプリ スタンド付き USB-C/AUX入力 MDF製 黒
Edifier
Amazon
3万円
「VGP2025受賞」Edifier MR3 スタジオモニタースピーカー「2024年新モデル」36W Bluetooth 5.4 ルーム補正 ハイレゾ 専用アプリ TRSバランス/RCA/AUX入力 3.5mm/ヘッドホン端子出力 52Hz-40kHz スタジオ/作曲/音楽/映画鑑賞用 MDF製 音質高 黒
Edifier
Amazon
Fosi Audio SK02 DAC アンプ 小型 ヘッドホンアンプ デスクトップ USB C to AUX デジタル アナログオーディオンバータアダプター コンパクト プリアンプ ホームオーディオ 家庭用 光入力 3.5mm 4.4mm バランスコンボ 黒 ケーブル/日本語説明書付き
Fosi Audio
Amazon
Amazonベーシック RCAオーディオケーブル 1.2m(2 RCAオス - 2 RCAオス)スピーカー用 ブラック
Amazonベーシック(Amazon Basics)
Amazon
両方ともセールになっていてセールの恩恵が受けやすいという一押しのセット。しかもハイレゾ対応で、ヘッドホンのバランス出力ありと隙がない。どちらにもRCAケーブルが付属していないので入れてある。MR3は付属品が多いのだが。このセットの難点はスピーカーが幅12.7cmと少々大きいことだ。
スピーカーのEdifier MR3は人気モニタースピーカーMR4の後継機で、小型化され、Bluetooth入力がついた。モニタースピーカー らしく、音の分解能が高いと評判だ。
Fosi Audio SK02はUSB DAC内臓のヘッドホンアンプで、コンパクトでキーボードの横に置きやすいデザインだ。低価格ながら、バランス出力がついており、中華イヤホンをバランス接続の4.4mmケーブルに変更すれば、更なる音質向上ができたり、いろいろとステップアップが楽しめる。
※しゃかもちガジェットさんの動画によれば、MR3よりMR4の方が音が良いとのことなので、予算＆サイズが許せるのなら、MR4の方がよさそうだ。
Edifier MR4 モニタースピーカー PC/作曲/ブックシェルフ/TV/PS5用， デュアルモード切替（モニタリングと音楽），TRSバランス/RCA/AUX入力，最大42W出力，60Hz - 20KHz 周波数応答範囲，1インチシルクドームトゥイーターと4インチ振動板ウーファー，アンプ内蔵， 白
Edifier
Amazon
Edifier M60とMR3どちらがいいの？
Edifier M60とMR3でどちらがいいのか悩む人も多いと思うが、どちらもレビューが多く、比較記事も多いので検索して探して欲しい。記事を読んでの印象としては、音質最重視ならMR3、サイズ重視ならM60ではないかという感じ。
kajetblog.com
kanose 2025-04-01 10:00 読者になる
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2025-03-31
オーディオ記事はなぜ謎のマウントをするブクマコメントがつくのか不思議
AV オーディオ Bluetooth スピーカー
大型Bluetoothスピーカーは音が良いけど高い！
ステレオ接続できるBluetoothスピーカーの勧め - ARTIFACT@はてブロ
わいはEarFun UBOOMを二本買ってTWSで使ってる。まぁまぁ遅延があるのでyoutubeとか見てる動画によっては有線のヘッドフォンに切り替えるときはあるのが不満くらいで、便利だし音も良い。
2025/03/30 21:15
Ear Fun製品のワイヤレスイヤホンは好きで、UBOOM Lの評判もいいのは知っているんだけど、ペアで1万円以上超えるのはさすがにちょっと高いかなと思って手を出しておりません。あれぐらい大きいと更に音が良さそう。
【VGP 2022 Summer 金賞】EarFun UBOOM L ワイヤレススピーカー 28W サウンド Bluetooth 5.0 重低音強化 16時間連続再生 IP67完全防水 【デュアルパッシブラジエーター/DSP処理/ステレオペアリング機能】インドア・アウトドアサウンドモード
EarFun
Amazon
大きいBluetoothスピーカーというと渋谷のAnkerストアでSoundcore Motion 100 / 300を聴いたのだが、これらも音が良かった。Motion 300は定価14,990円が現在9,990円と3割以上安くなっている。ただ、800g近くあって、持ち運ぶのは大変そうなぐらい重い。
Anker Soundcore Motion 300 USB対応 【ハイレゾ音源再生/自動イコライザー切替機能 / 30W出力 / IPX7防水規格 / 最大13時間再生 / BassUpテクノロジー/Proイコライザー】スペースグレー
Soundcore
Amazon
xiaomoのサンドポケット
ステレオ接続できるBluetoothスピーカーの勧め - ARTIFACT@はてブロ
xiaomiのサンドポケットをお勧めする
2025/03/30 18:25
ステレオ接続できるBluetoothスピーカーの勧め - ARTIFACT@はてブロ
このジャンルで比較するならxiaomiのsound pocketとsound outdoorを抜いちゃダメだと思う。ただAUXで遅延なくステレオにできるならニーズはありそう
2025/03/30 20:09
xiaomiのサンドポケットは発売時にチェックしたんだけど、カラーバリエーションがなくて、ステレオ接続時にどちらが左右確認するかわからないのが不満だったので購入しなかったんだけど、あの安さから考えるとやはり入れるべきではあった。
Xiaomi サンドポケット Bluetoothスピーカー ポータブルスピーカー IP67防塵防水 完全ワイヤレス ステレオサウンド Bluetooth 5.4 音声通話 アウトドア, ブラック
xiaomi(シャオミ)
Amazon
OUTDOORもチェック済なのだが、5000円前後だとFUNLOGY Portableがセール時に3000円台と安くなることもあり、そこまでお勧めとは思わなかった。
FUNLOGY Portable スピーカー ポータブルスピーカー VGPアワード2022受賞 防水 防塵 Type-C 充電式 小型 Bluetooth ワイヤレススピーカー モバイル テレビ スマホ pc 対応 IP67 お風呂 speaker TWS 日本ブランド ステレオ マイク内蔵 出力 10W 連続12時間再生 レッド
FUNLOGY
Amazon
FUNLOGY Portable2（スピーカー/ポータブルスピーカー）【VGP2024受賞 / 防水対応/小型/Type-C 充電式/バッテリー 内臓/Bluetooth対応/ワイヤレス / IP67 / TWS 対応/日本ブランド 】 (ホワイト)
FUNLOGY
Amazon
謎のマウントコメント
上で挙げたような、情報の追加や記事の抜けを指摘してくれるようなコメントはいいのだが、問題は謎のマウントをしてくるコメント。
ステレオ接続できるBluetoothスピーカーの勧め - ARTIFACT@はてブロ
有線のEntrySを長年使ってるんで、1万クラスのBTスピーカーじゃ正直物足りない。
2025/03/30 19:16
Bluetoothスピーカーは「電源コードがないので設置が自由（コードがある製品もある）」「防水（でない製品もたまにある）」が利点なので、それと同じ条件にして欲しい。
それにALR JORDAN Entry Sは所有しているけど、これは20年前のスピーカーだ。正直今どきの1万円の中華パッシブスピーカーに音質は負けている。そんな過去のスピーカーを引き合いに、音質に満足できないとか言われても困る。
自分は普段、音質を求めて聴く時は、B&W 706S2というちゃんとしたスピーカーを持っているのでそちらで聴いている。アンプはSMSL AO300という中華アンプで大したものでないが。
ステレオ接続できるBluetoothスピーカーの勧め - ARTIFACT@はてブロ
東京の狭小物件の住人が強がっているようにしか見えない
2025/03/30 19:54
音質が最高とか言っている訳でもなく、お風呂で使うと便利だよと言っている。上で書いたように、しっかり聴く環境はある上で、お風呂などで気軽に使う製品として、今回紹介している。
ステレオ接続できるBluetoothスピーカーの勧め - ARTIFACT@はてブロ
[音楽]
[商品]
なぜみんな1台は持ってるAmazonのEchoがない
2025/03/31 00:49
ステレオ接続できるBluetoothスピーカーの勧め - ARTIFACT@はてブロ
Amazon Echo2台で同じことできるよね。中古で安く手に入るし。この人目の前にEcho dotあるのにそのことに気づいてなくない？
2025/03/31 07:09
さすがに何を言ってるんだ？と思ったコメント。Echo Dotは2台所有しているが、電源ケーブルがいるし、もちろん防水ではない。まったく別物の製品をなぜ引き合いに出してくるのか意味不明である。
オーディオ記事に限らず、マウントをしてくるコメントははてブではいつもの光景といえるが、それにしてもオーディオ記事を書くと毎回こういう勘違い（記事の趣旨をまったく読み取らない）なマウントコメントがついてくるのは不思議なものである。オーディオ記事を書くたび、ブクマコメントで勘違いコメントに関しては反応しようと思っていたが、今回勘違いぶりがひどかったのでつい記事を書いてしまった。
※「マウント」と書いたが、正しいマウントは「音の悪いそんな安いBluetoothスピーカーはいらない。JBLやマーシャルのBluetoothスピーカーしか認めない」だろう。パッシブスピーカーやEcho Dotを持ち出してくるのは、マウントですらない
追記
オーディオ記事はなぜ謎のマウントをするブクマコメントがつくのか不思議 - ARTIFACT@はてブロ
このブログで取り上げる物が安物しかないからだよ
2025/03/31 14:42
こういう人は高い製品を紹介すれば、「こんなのを買うのはマニアだけだ」と腐すのだろう。
ステレオ接続できるBluetoothスピーカーの勧め - ARTIFACT@はてブロ
ちゃんとしたスピーカーやアンプを買うべきです
2025/03/31 09:17
ご心配なく。すでに持ってます。
オーディオ記事はなぜ謎のマウントをするブクマコメントがつくのか不思議 - ARTIFACT@はてブロ
[心理]
人格を否定されたような気持ちになるんだろうな
2025/03/31 16:24
オーディオ記事はなぜ謎のマウントをするブクマコメントがつくのか不思議 - ARTIFACT@はてブロ
「人格を否定されたような気持ちになるんだろうな」←価格COMのカメラ系口コミであるある。所有するカメラやレンズと同メーカー製品の批判苦言が書かれると自分が貶されたように反論してくるカメ爺…ゲハの争いもそう
2025/03/31 17:00
Bluetoothスピーカーの話題なのに、普通のパッシブスピーカーや、電源ケーブルが必要なスマートスピーカーを出してくるのは指摘として的外れだろうという話が理解できないようだ。
たかだか2000円台のBluetoothスピーカーのことで「人格を否定されたような気持ちになるんだろうな」とか言われても、？？としかならない。これが言われているようにカメラやレンズのような、高い製品のことならまだ理解はできるが。
オーディオ記事はなぜ謎のマウントをするブクマコメントがつくのか不思議 - ARTIFACT@はてブロ
[bluetooth]
[スピーカー]
元記事の「防水仕様のため、入浴時に」「防水なのでお風呂スピーカーとして」は使用例としか捉えられないので、「電源ケーブルがいる」「防水ではない」が別物というのはこの補足記事を読まないとわからないです
2025/03/31 15:39
お勧めのBluetoothスピーカーを教えて欲しいと言われた時に、Echo Dotを買えばいいという答えをおかしいと思わないのだろうか。
そもそもBluetoothスピーカーのほとんどはバッテリー内蔵であり、コードレスだし、DAISOなどの激安製品以外は防水機能を持っているのは普通である。Bluetoothスピーカーの標準的な仕様を知らずに、Bluetoothスピーカーの話に首を突っ込まないで欲しい。
kanose 2025-03-31 09:30 読者になる
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中華Bluetoothスピーカーの音質はどんなものだろうと思って、LFSというメーカーのライト搭載超小型スピーカー（重量68g）がタイムセールで安くなっていたので買ってみた。低音こそ出ないものの、中高音はなかなかクリアな音が出ていて良かった https://t.co/qNLxHPgHmc
— 加野瀬未友 (@kanose) 2022年1月31日
※Bluetoothスピーカーに関する自分のツリー
AmazonセールでPCオーディオを強化するセット（予算1.5～2.5万円）
オーディオ記事はなぜ謎のマウントをするブクマコメントがつくのか不思議
Amazon (16)
AV (121)
Bluetooth (9)
PC (87)
イヤホン (16)
オーディオ (44)
スピーカー (9)
個人サイト (335)
2025 / 4
混合分布のパラメータ推定：その４（複数種類のデータで分ける）
（このページは URL を2013ベントス・プランクトン学会大会の要旨に掲載したものからリンクしています） # ４部構成にしてあります、ここではグループ数の推定がうまくいかない場合の対処について。 # より基本形の例は、その１の方でまとめてあります。 # その１：正規混...
2025-03-31 イタリア政府・市民監視にスパイウェア不正使用
イタリアの情報機関がNGOやジャーナリストに対してスパイウェアを仕掛け、監視・盗聴を行っていた。2025年3月末に発覚、ヨーロッパの各種メディアで問題になっている。
状況には、まだ不明確な部分も多い。政府機関が組織的に行っていたとされ、現在、公式に調査中。政府側は「法の範囲内だった」と主張している模様だが、過去数か月にわたって「そんなことはしていない」と疑惑を否定していたため（要するに、うそをついていたため）、少なくとも不信感を持たれている。憲法違反の疑いも。
盗聴のターゲットにされた代表例として、リビア難民（迫害され、地中海の対岸から脱出してくる）を支援していたNGOがある。伝えられるところによると、イタリア政府は「公海上から外国人を招き入れるのは治安維持の問題があるので、ひそかに活動を探っていた」というような説明をしている。NGOの側は、声明の中で「暴行・殺害の危機に瀕している人々が緊急避難してくるのを一人でも多く救うのは、人道的に当然のこと。政府はリビアで起きている惨事に、加担するつもりなのか」と批判し、活動を継続すると宣言。人道的援助をしていて、思いがけず自国政府からにらまれたことでは、かなり恐ろしさも感じたようだ。「勇気とは、恐れないことではない。恐れを乗り越えることだ」とメッセージを結んでいる [1]。
イタリアに限らず、政府が一般市民にスパイウェアを仕掛けるというのは、愉快なことではない。「怖いのは悪意のハッカーや、怪しい会社だけではなく、本来なら不正侵入を取り締まる側の政府も、同様の侵害行為をしている」というのは、なんとも嫌な現実だ。力を持つ者がつい必要以上に力を使ってしまうのは、自然の成り行きかもしれないけど…
[1] Mediterrana Saving Humans
https://mediterranearescue.org/it/news/i-servizi-segreti-hanno-spiato-mediterranea-per-ordine-di-mantovano
“Il coraggio non risiede nel non avere paura, ma nel superare la paura.”
2025-03-31 二項係数・超入門 三つの基本と簡単な応用例
ベルヌーイの公式関連で、やたらと出てくる (n C k) みたいな記号。とりあえず必要なことだけ、ここでまとめておきたい。今回は、特に予備知識は必要なし。
問題 3種類の軽食（パパイア、ピザ、プリン）を一人の客に出すとして、どーゆー順番で出すのがいいか？
→ 続きを読む
Windows 版のみ。手動アップデートのユーザーは、更新の検討を。 Linux/Mac には影響なし。
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「2乗和・3乗和・4乗和」等の公式をばらばらに考える代わりに、それらを含めた「m 乗和」を統一的に一望できるような理論的基盤が得られれば、大きな収穫だろう。知識の整理・俯瞰（ふかん）にも役立つ。 Bernoulli 数は「m 乗和の計算ツール」というだけではなく、その懐は広く深い。例えば、
2025-02-24 1387 と 1729 6億3531万8657の秘密
BES, Battle Encoder Shirasé 1.7.10 (March, 2025) & 1.8.0.39: Per-Process CPU Limiter (archive)
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Debian 13 “Trixie”、フリーズプロセスを開始
階戸アキラ
2025-04-01
2025-04-02
US MobileのWARP回線でデータ通信ができなくなった話（iPhone SE 第2世代）
usa life apple
はじめに アメリカでUS MobileのWARPプランをiPhone SE（第2世代）で利用していた筆者が、データ通信だけ使えなくなるという問題に遭遇しました。通話やSMSはできるのに、なぜかモバイルデータだけが復旧しない。しかも、データ残量を使い切ってトップアップ…
最終更新: 2025-04-02 05:30
2025-04-02
US MobileのWARP回線でデータ通信ができなくなった話（iPhone SE 第2世代）
usa life apple
usa (32)
life (24)
apple (8)
第116回日本MySQLユーザ会25周年&MySQL 30周年イベント、脆弱性が修正されたPostgreSQLの続報
梶山隆輔，溝口則行
2025-04-01
docker Singularity PAF format multi-fasta alignment (MAF) format conversion chain format dot plot 結果の視覚化 (visualization) 2025 Bioinformatics SNV small indel structural variations (SV)
オートコンプリート設定（Fishシェルでタブ補完（コマンド候補表示）が機能するようにする）
実行方法
２、dotplot: PAF|MAF|CHAIN形式のペアワイズアラインメントのDot plotによる視覚化
３、tview: コマンドラインでのアラインメント視覚化
gを押すとナビゲーションウィンドウが表示され、左側にシーケンス名、右側に選択したシーケンスの任意のインターバルが表示される。
Tabを押すと左右の選択ウィンドウが切り替わり、また▲▼を押すとシーケンスとインターバルを選択できる。Enterを押してジャンプし、Escでナビゲーション・ウィンドウを閉じる。
４，stat: MAF|PAF|CHAINの統計
#MAF
wgatools stat test.maf
#PAF
wgatools stat -f paf test.paf
#CHAIN
wgatools stat -f chain test.chain
５， validate: PAFファイルを検証する。クエリーとターゲットの位置が違っていたり、CIGAR文字列が配列と不一致だったりとPAFファイルが正しくない場合、検証・修正に使う。
wgatools validate wrong.paf
#修復したpafを書き出す
wgatools validate wrong.paf -f happy.paf
出力例
> wgatools validate test.paf
６，call: MAF形式は各塩基のアラインメントを完全に記録しているため、バリアントコールに使用できる。
#defaultではSNPs、small indelはcallしない。SVのみコールする
wgatools call test.maf
#SNPsもコールするには”-s” と ”-l 0”をつける
wgatools call test.maf -s -l0
#PAFからダイレクトにバリアントコールするには、ターゲットとクエリの配列を指定する
wgatools call test/test.paf -s -l0 --target target.fa --query query.fa -f paf
出力例
> wgatools call test.maf -s -l0
#PAFからダイレクトにバリアントコールするには、ターゲットとクエリの配列を指定する
wgatools call test/test.paf -s -l0 --target target.fa --query query.fa -f paf
７， chunk : 巨大なMAFファイルを分割する。
wgatools chunk -l 100 test.maf -o chunked.maf
出力例
> wgatools chunk -l 100 test.maf -o chunked.maf
８，filter: ブロックサイズやクエリサイズ、アラインメントサイズでMAFをフィルタリングする。
wgatools filter test.maf -q 1000000 > filt.maf
９，rename: MAFのクエリとターゲットの配列名をリネームする。例えばrefとqueryの染色体名が同じchr1になっている場合など、配列名に接頭辞をつけてリネームする。
wgatools rename --prefixs REF.,QUERY. input.maf > rename.maf
出力例
> wgatools rename --prefixs REF.,QUERY. test.maf
１０， pafcov: 複数のゲノムのアライメント結果がある場合にアライメントカバレッジを計算する。wfmash出力に最適化されている。BED3形式＋４フィールド目にカバレッジ、のフォーマットで出力される。
wgatools pafcov all.paf > all.cov.beds
１１、 pafpseudo: all versus all PAFから擬似MAFを生成する
wgatools pafpseudo -f all.fa.gz all.paf -o out_dir -t 10
関連
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